首先你要到这个网址:https://portal.gdc.cancer.gov/,进入下面这个界面,如果你打不开这个页面,那你的下载大概率也会有问题的,因为这个对网络有要求! 打开这个页面后,你需要选择你想要下载的东西,这个数据库下载东西逻辑是很清晰的,比如你想要下载TCGA的直肠癌的常规转录组的mRNA数据,首先你要点击Repository,下面箭头...
工具的下载原理是利用GDC API,感兴趣的可以去看一看。 这是一个极简的下载工具,从盒子打开之后(打不开的看这里),他长这个样子: 对,就是这样,看着啥都没有!!! 其实他是在检索,大约过一会儿(因你的网络而定)就会长这个样子: 左侧就是检索出来可以下载的TCGA的三十多种肿瘤,你可以双击任何的一个肿瘤便可以进...
^cBioPortalhttps://portal.gdc.cancer.gov/
TCGA是一个综合性的多组学肿瘤基因组数据库,除包含DNA测序之外,还包含了RNA测序、拷贝数、蛋白谱、甲基化等多个组学的数据,但是在TCGA的官方网站GDC Data Portal (https://portal.gdc.cancer.gov/) 仅有的几个功能模块中,却并没有发现可用的数据挖掘功能,在Analysis模块中也仅有可怜的两项功能:交集分析和队列比...
R语言有很多不同的包可以用于下载TCGA文件(意思就是不同的代码实现下载TCGA数据的同一目的) 方法1:TCGAbiolinks包(首推这个方法!!目前没发现明显缺点) library(TCGAbiolinks)#加载包 query <- GDCquery(project = "TCGA-DLBC", #选定要下载的肿瘤类型
1.打开TCGA官网https://portal.gdc.cancer.gov/。 数据库中的counts得到表达谱矩阵。 18230 广告 年末·限时回馈 热卖云产品年终特惠,2核2G轻量应用服务器7.33元/月起,更多上云必备产品助力您轻松上云 您找到你想要的搜索结果了吗? 是的 没有找到 TCGA蛋白分析数据库 该网站结合了反向蛋白质阵列(RPPA)和TCGA...
这里要先得到的是每个exon的长度,为了求长度,我们先要有基因组注释文件,你可以在这里下载:https://gdc.cancer.gov/about-data/data-harmonization-and-generation/gdc-reference-files。这是GDC官网里的下载网址,进去以后,选择这个: 下载后解压,这个过程就不赘述了。
首先你要到这个网址:https://portal.gdc.cancer.gov/,进入下面这个界面,如果你打不开这个页面,那你的下载大概率也会有问题的,因为这个对网络有要求! 打开这个页面后,你需要选择你想要下载的东西,这个数据库下载东西逻辑是很清晰的,比如你想要下载TCGA的直肠癌的常规转录组的mRNA数据,首先你要点击Repository,下面箭头...
首先你要到这个网址:https://portal.gdc.cancer.gov/,进入下面这个界面,如果你打不开这个页面,那你的下载大概率也会有问题的,因为这个对网络有要求! 打开这个页面后,你需要选择你想要下载的东西,这个数据库下载东西逻辑是很清晰的,比如你想要下载TCGA的直肠癌的常规转录组的mRNA数据,首先你要点击Repository,下面箭头...
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