以下是下载TCGA-BLCA膀胱癌count/TPM数据的演示。 步骤1:进入网站 首先,我们用谷歌浏览器点开新版网站的首页。 https://portal.gdc.cancer.gov/portal.gdc.cancer.gov/ 步骤2:检查购物车 点开首页右上角的Cart按钮 点击网站logo下方蓝条中的红色按钮,对购物车中已有的数据进行清空 3
1. GDC 1.0版本检索 目前GDC 1.0版本教程较多,检索方便,先以1.0进行介绍 1.1 点击1.0链接进入主页 1.2 点击repository 进入仓库,从Cases里面确定数据下载的组织,这里选择breast,依次点击1~4步骤 1.3 点击Files里面选择下载数据的类型,这里选择转录组数据,依次点击1~6步骤 1.4 把选择的数据加入到购物车,在加入购物车...
这里我们先读取第一个文件夹中的文件试试,看看里面是不是我们想要的数据。下面是下载R包及读取软件的R代码。 install.packages("data.table") library(data.table) test <- fread("./TCGA data/gdc_download_20241004_061910.074985/0733dd3a-29c9-45ea-bb5f-69bac22911ee/16d289d4-a664-4827-a9e5-3b31d...
TCGA数据下载网址:https://portal.gdc.cancer.gov/Data Transfer Tool网址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool如果下载慢,我这提供一份下载好的连接:https://github.com/chenwi/TCGAD/blob/master/gdc-client_v1.3.0_Windows_x64.zip TCGA官网数据检索 如果在官网下,需要点击右边的...
TCGA数据库的利用(一)—— 数据下载! 在需要下载官方下载工具「gdc-client」:链接地址:gdc-client下载工具,根据自己系统进行下载即可,工具下载完之后不需要安装就可以直接使用,但是下载数据是在命令行中进行的,为了方便需要...面有点了解,因此特地写个系列来巩固一下这方面知识的掌握。 对于数据的利用的第一步就是...
1、进入GDC官网: 2、进入Repository,根据分析需求选择Files和Cases 3、然后点击Add All Files to Cart, 下载manifest 4、最后在服务器上运行:/gdc-client download -m manifest -d outdir 注意:官网上下载的TCGA数据每一个样品是一个独立的文件,后期分析需要整合到一起。
TCGA学习篇——数据下载 下载TCGA的方法比较多,这里采用GDC下载数据。 步骤一:进入官网:https://portal.gdc.cancer.gov/ 步骤二:点击Repository 第三步:点击Files或Case Case主要包括:Primary site(肿瘤起始位置,原位癌)、Program(数据来源)、Project()、Disease Type(疾病类型)、Gender(性别)、Age At Diagnosis(...
TCGA自2016年改版后,下载方式变得大为不同,数据都整合在GDC(Genomic Data Commons)的DATA PORTAL中,所以先进网址https://portal.gdc.cancer.gov/。 以乳腺癌(BRCA)为例,进入TCGA-BRCA界面,这次选择下载的是RNA-Seq数据,点击RNA-Seq的1092个case,然后在点击Files自行设定筛选条件(我选择下载count数据)。
第一列为文件的uuid, 在GDC数据库中,所有的信息都用一个uuid唯一标识。利用manifest文件批量下载的用法如下 gdc-client download -m gdc_manifest_20190610_105445.txt 1. 结果下载到当前目录,每个文件保存在uuid对应的文件夹下,示意如下 ...
最后通过他提供的GDC工具,就可以实现数据下载(我录制了视频演示教程)。 除此以外,还有一个地方可以下载数据,十分便捷。 https://xenabrowser.net/hub/ 这里面实际上是个数据库,有很多其他数据,我们点击TCGA hub后是这样的 点击任意肿瘤就进入下载界面,里面有甲基化,CNV,外显子,转录组等,假如下载的是转录组数据...