以下是下载TCGA-BLCA膀胱癌count/TPM数据的演示。 步骤1:进入网站 首先,我们用谷歌浏览器点开新版网站的首页。 https://portal.gdc.cancer.gov/portal.gdc.cancer.gov/ 步骤2:检查购物车 点开首页右上角的Cart按钮 点击网站logo下方蓝条中的红色按钮,对购物车中已有的数据进行清空 3 选定并保存自己所需的项...
1. GDC 1.0版本检索 目前GDC 1.0版本教程较多,检索方便,先以1.0进行介绍 1.1 点击1.0链接进入主页 1.2 点击repository 进入仓库,从Cases里面确定数据下载的组织,这里选择breast,依次点击1~4步骤 1.3 点击Files里面选择下载数据的类型,这里选择转录组数据,依次点击1~6步骤 1.4 把选择的数据加入到购物车,在加入购物车...
这里我们先读取第一个文件夹中的文件试试,看看里面是不是我们想要的数据。下面是下载R包及读取软件的R代码。 install.packages("data.table") library(data.table) test <- fread("./TCGA data/gdc_download_20241004_061910.074985/0733dd3a-29c9-45ea-bb5f-69bac22911ee/16d289d4-a664-4827-a9e5-3b31d...
1)下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载windows版本。 2)将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在D:\TCGA目录,并且把上面下载的Manifest文件也放在相同的文件夹: 3、使用gdc-client下载TCGA数据 1)方法,打开windows的...
通过网址:https://xenabrowser.net/datapages/进入UCSC xena数据存储中心,可以看到各种各样的数据: 而UCSC xena里TCGA的数据有两个来源,一个是TCGA hub的数据,另一个是GDC TCGA的数据: 推荐使用GDC TCGA下载表达谱,因为TCGA hub的数据是经过处理...
最近GDC网站的API接口不太稳定,导致TCGAbiolinks 软件包无法和服务器链接,下载不了数据。遇到这种情况,只能采用GDC Data Transfer Tool(gdc-client) 下载数据了。下载方法可以参考如下: 1. 安装gdc-client 软件 该软件支持在Windows, Linux, Mac OS 等不同操作系统上运行,下载下来,安装既可以使用,非常的方便,下载链...
使用GDC Data Transfer Tool下载TCGA的数据。搜到的教程要么界面是旧的,要么比较复杂看得我有点晕。自己摸索了一下,算是我自己的学习笔记。希望能帮助到别人。, 视频播放量 1105、弹幕量 1、点赞数 21、投硬币枚数 16、收藏人数 31、转发人数 5, 视频作者 慕婉枫, 作者简
TCGA学习篇——数据下载 下载TCGA的方法比较多,这里采用GDC下载数据。 步骤一:进入官网:https://portal.gdc.cancer.gov/ 步骤二:点击Repository 第三步:点击Files或Case Case主要包括:Primary site(肿瘤起始位置,原位癌)、Program(数据来源)、Project()、Disease Type(疾病类型)、Gender(性别)、Age At Diagnosis(...
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows和Ubuntu的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 RedHat...
https://docs.gdc.cancer.gov/API/Users_Guide/Getting_Started/ 通过熟练使用API,可以实现程序自动化的下载TCGA数据,有很多TCGA数据下载的R包,就是通过调用API来实现对应的功能。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!