TCGA是目前比较常用的肿瘤数据库,收集了不同课题项目的,包括了30+种肿瘤的数据,bam文件大部分是controled的,需要申请才能获得下载权限,其余的RNA表达量和vcf有很多是公开数据,网站根… 里里里吖 玩转TCGA临床信息 相信很多做科研的同学刚步入科学殿堂的时候,都是从学习和模仿他人的研究开始的,小编当年也是这样的。俗话说他山
以下是下载TCGA-BLCA膀胱癌count/TPM数据的演示。 步骤1:进入网站 首先,我们用谷歌浏览器点开新版网站的首页。 https://portal.gdc.cancer.gov/portal.gdc.cancer.gov/ 步骤2:检查购物车 点开首页右上角的Cart按钮 点击网站logo下方蓝条中的红色按钮,对购物车中已有的数据进行清空 3 选定并保存自己所需的项...
TCGA数据库的利用(一)—— 数据下载! 在需要下载官方下载工具「gdc-client」:链接地址:gdc-client下载工具,根据自己系统进行下载即可,工具下载完之后不需要安装就可以直接使用,但是下载数据是在命令行中进行的,为了方便需要...面有点了解,因此特地写个系列来巩固一下这方面知识的掌握。 对于数据的利用的第一步就是...
TCGA改版后,下载方式变得大为不同,数据都整合在GDC(Genomic Data Commons)的DATA PORTAL中。TCGA官网:https://cancergenome.nih.gov/TCGA数据下载网址:https://portal.gdc.cancer.gov/Data Transfer Tool网址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool如果下载慢,我这提供一份下载好的连接:https...
TCGA再次改版，我整理了最新数据下载教程。下面以TCGA-BLCA膀胱癌count/TPM数据为例进行演示。步骤1：进入网站 使用谷歌浏览器打开新版TCGA网站，进入首页。步骤2：清空购物车 点击右上角的Cart按钮，进入购物车页面，点击网站logo下方蓝条中的红色按钮清空购物车。步骤3：选定并保存项目 点击logo下方的...
除此以外,还有一个地方可以下载数据,十分便捷。 https://xenabrowser.net/hub/ 这里面实际上是个数据库,有很多其他数据,我们点击TCGA hub后是这样的 点击任意肿瘤就进入下载界面,里面有甲基化,CNV,外显子,转录组等,假如下载的是转录组数据就往下翻。
1)下载软件地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,根据自己的操作系统下载对应的版本,这里下载windows版本。 2)将下载的软件解压,并放在一个自己好找的目录,例如我放在D:\TCGA目录,并且把上面下载的Manifest文件也放在相同的文件夹: 3、使用gdc-client下载TCGA数据 1)方法,打开windows的...
https://docs.gdc.cancer.gov/API/Users_Guide/Getting_Started/ 通过熟练使用API,可以实现程序自动化的下载TCGA数据,有很多TCGA数据下载的R包,就是通过调用API来实现对应的功能。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号,更多精彩内容等着你!
gdc-client,官网地址:https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool,是由 GDC 官方提供的一个可以在命令行下批量下载 TCGA 数据的客户端工具。 在gdc-client 官网可以看到 Mac、Windows和Ubuntu的二进制版本下载,却唯独没看到 CentOS/RedHat 版本的!而且还给了我们一个提示说,如果你想要安装 RedHat...
GDC的在线下载功能只适用于下载小的数据集,当需要下载数据量较大的TCGA数据时,必须借助于GDC官方提供的客户端工具gdc-client。网址如下 https://gdc.cancer.gov/access-data/gdc-data-transfer-tool 该软件是一个命令行工具,支持windows, linux, mac OS多种操作系统,可以通过以下两种方法来下载文件...