首先,我们用谷歌浏览器点开新版网站的首页。 https://portal.gdc.cancer.gov/portal.gdc.cancer.gov/ 步骤2:检查购物车 点开首页右上角的Cart按钮 点击网站logo下方蓝条中的红色按钮,对购物车中已有的数据进行清空 3 选定并保存自己所需的项目 点开logo下方的Projects 从左侧勾选框中找到Program字样,勾选TC...
TCGA官网:https://portal.gdc.cancer.gov/ 官方网址目前默认是GDC 2.0版本,网上教程最多还是v1版本,可以点击红框位置进入GDC 1.0版本进行检索,或者直接点击GDC 1.0版本链接进入:https://portal.gdc.cancer.gov/v1/ TCGA(GDC2.0)官网主页 1. GDC 1.0版本检索 目前GDC 1.0版本教程较多,检索方便,先以1.0进行介绍 ...
GDC是Genomic Data Commons的缩写,是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统,整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息,提供了癌症数据的统一存储,管理,展示,将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享,网址如下 https://portal.gdc./ 数据来源于以下多个大型癌症研究组织和项目 Foundation Medicine(FM)...
GDC是Genomic Data Commons的缩写,是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统,整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息,提供了癌症数据的统一存储,管理,展示,将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享,网址如下 https://portal.gdc.cancer.gov/ 数据来源于以下多个大型癌症研究组织和项目 Foundation Me...
下载界面直达:https://portal.gdc.cancer.gov/analysis_page?app=Downloads 数据下载界面 浏览器搜索TCGA,点击GDC Data Portal 搜索“TCGA”后,点击“GDC Data Portal” 点击Repository 数据下载界面 选择所需数据 这步和旧版界面不一样 下载肝癌的数据} ...
2022年3月29日,GDC官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)发布了新的更新版本(Data Release 32.0)数据。此次数据更新范围广、变化大,导致许多网上的教程一夜之间不再直接可用。 具体的更新情况,在官网页面(https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/)有详细介绍。对于应用最为广泛的RNA...
https://github.com/chenwi/TCGAD/blob/master/gdc-client_v1.3.0_Windows_x64.zip TCGA官网数据检索 如果在官网下,需要点击右边的Launch Data Portal,也就是上面TCGA数据下载的网址 进入到数据下载页面(可以直接点击上面TCGA数据下载网址)后,看到的目前版本如下,目前已有40个project,32555个case。 我以白血病(AML...
TCGA(The Cancer Genome Atlas)项目完成后,最终和其它的一些肿瘤医学项目一起归档在 GDC Portal网站,方便人们访问。 网址是 https://portal.gdc.cancer.gov 其中除了TCGA的数据还有其它一些医学项目产生的基因测序数据,以及临床信息数据。 网站首页如下: 左侧可以点击Projects 根据项目类型,实验类型,基因突变类型搜索样本...
第一步,打开TCGA网址:https://portal.gdc.cancer.gov 第二步,点击导航栏最右侧的 Repository,进入仓库 第三步,点击左侧导航栏的 Cases后,找到 Program项目中的 TCGA,再找到 Project 中的ACC 第四步,点击左侧导航栏的 Files后,按照下图所示,分别选择选项 ...
网址:https://portal.gdc.cancer.gov/ 对于肿瘤研究者来说,TCGA数据库就是一个资源宝库,里面有很多有价值的信息可以挖掘,关于TCGA数据挖掘的工具很多,包括在线工具和R包。这里我们主要是通过R语言进行挖掘,所以需要有一点R语言基础。R语言快速入门可参考文章:R语言编程基础第一篇:语法基础。也可以自己找教程自学,网...