首先,我们用谷歌浏览器点开新版网站的首页。 https://portal.gdc.cancer.gov/portal.gdc.cancer.gov/ 步骤2:检查购物车 点开首页右上角的Cart按钮 点击网站logo下方蓝条中的红色按钮,对购物车中已有的数据进行清空 3 选定并保存自己所需的项目 点开logo下方的Projects 从左侧勾选框中找到Program字样,勾选TC...
TCGA官网:portal.gdc.cancer.gov/ 官方网址目前默认是GDC 2.0版本,网上教程最多还是v1版本,可以点击红框位置进入GDC 1.0版本进行检索,或者直接点击GDC 1.0版本链接进入:portal.gdc.cancer.gov/v1/ TCGA(GDC2.0)官网主页 1. GDC 1.0版本检索 目前GDC 1.0版本教程较多,检索方便,先以1.0进行介绍 1.1 点击1.0链接进...
GDC是Genomic Data Commons的缩写,是由美国国家癌症研究所NCI建立的一套癌症数据共享系统,整合包括TCGA在内的多个癌症数据库中的信息,提供了癌症数据的统一存储,管理,展示,将数据与世界范围内的癌症基因组学研究者共享,网址如下 https://portal.gdc.cancer.gov/ 数据来源于以下多个大型癌症研究组织和项目 Foundation Me...
STAR - Counts 具体可在GDC官网查看 (5)legacy 这个参数主要是因为TCGA数据有两个入口可以下载,GDC Legacy Archive 和 GDC Data Portal,区别主要是注释参考基因组版本不同分别是:GDC Legacy Archive(hg19和GDC Data Portal(hg38)。参数默认为FALSE,下载GDC Data Portal(hg38)。这里建议是,下载转录组层面的数据使用...
1、GDC Data Portal;【TCGA官网默认模式】 2、GDC Legacy Archive; 不知道这两种区别的童鞋,继续往下看有解释。 那既然找不到我们要的区分平台的数据,可以点开左上角这个看看: 显示如下: 提示我们可以去 GDC Legacy Archive 上看看有没有这个数据: https://port...
下载界面直达:https://portal.gdc.cancer.gov/analysis_page?app=Downloads 数据下载界面 浏览器搜索TCGA,点击GDC Data Portal 搜索“TCGA”后,点击“GDC Data Portal” 点击Repository 数据下载界面 选择所需数据 这步和旧版界面不一样 下载肝癌的数据} ...
2022年3月29日,GDC官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)发布了新的更新版本(Data Release 32.0)数据。此次数据更新范围广、变化大,导致许多网上的教程一夜之间不再直接可用。 具体的更新情况,在官网页面(https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/)有详细介绍。对于应用最为广泛的RNA...
2022年3月29日,GDC官网(https://portal.gdc.cancer.gov/)发布了新的更新版本(Data Release 32.0)数据。此次数据更新范围广、变化大,导致许多网上的教程一夜之间不再直接可用。 具体的更新情况,在官网页面(https://docs.gdc.cancer.gov/Data/Release_Notes/Data_Release_Notes/)有详细介绍。对于应用最为广泛的RNA...
下载TCGA的方法比较多,这里采用GDC下载数据。 步骤一:进入官网:https://portal.gdc.cancer.gov/ 步骤二:点击Repository 第三步:点击Files或Case Case主要包括:Primary site(肿瘤起始位置,原位癌)、Program(数据来源)、Project()、Disease Type(疾病类型)、Gender(性别)、Age At Diagnosis(诊断年龄)等等筛选条件。
1、打开网站 :https://portal.gdc.cancer.gov/ 2、从Cases这里选择TCGA和Project里面勾选疾病 3、从Files选择数据类型:...