(4) 安装SRA Toolkit SRA Toolkit可以视为sra-tools的孪生兄弟,其二者的上述命令代码是一致的。SRA Toolkit的下载、安装和配置相对麻烦,如果已成功运行(1)和(2),可以不考虑另外下载安装SRA Toolkit。SRA Toolkit官网:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit # 创建并进入软件文件夹b...
conda install -y sra-tools 2.网页安装sra-tools工具 复制这个Ubuntu linux 64 bit architecture的下载链接 下载软件 # 一般会创建一个软件管理文件夹 # 然后cd过去 cd ./biosoft/ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64.tar.gz 解压缩软件 tar -zxvf srato...
conda install-y sra-tools 2.网页安装sra-tools工具 复制这个Ubuntulinux 64 bit architecture的下载链接 下载软件 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # 一般会创建一个软件管理文件夹 # 然后cd过去 cd./biosoft/wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-...
将/path/to/sratoolkit替换为实际的解压路径。现在你应该能够在终端或命令提示符窗口中运行sratoolkit命令了。总结:使用conda下载sratoolkit(sra-tools)是一个简单而高效的方法。通过搜索和选择合适的版本,你可以轻松地安装和管理sratoolkit。如果你在Linux系统下,也可以尝试使用传统的安装方法。无论你选择哪种方法,记得...
1.安装SRA Tools 通过SRA Toolkit可以方便的从NCBI下载SRA数据,但是速度较慢,Aspera虽然快,但是难点在于找NCBI的源文件地址,而且SRA Toolkit好像可以调用Aspera(虽然还没找到方法) 具体操作可以参考这个帖子,下载安装很容易,主要是配置环境要配置好,不然用不了 ...
GitHub-sra-tools Building and Installing from Source 以下是个人简单安装使用 1.先下载已编译软件文件,解压 2.然后设置PATH变量 export PATH=$PATH:/home/maque/sratoolkit.2.5.2-ubuntu64/bin 3.使用 fastq-dump 将sra 格式文件 转换成 fastq 格式文件 ...
**注意:**NCBI其实已经更新了一个多线程抽取工具fasterq-dump,可以在sratools的bin目录里找到,但是文档没有写,没有特殊需求的话,可以考虑直接用新工具替代。 这个fasterq-dump与fastq-dump相比,就像动车碾压绿皮火车,用法如下: fasterq-dump --split-3 SRR893046 -O fastq 详情查看:https://www.jianshu.com/p/...
ncbi-vdb is already available in linux-aarch64 and osx-arm64, try to build sra-tools too Please read the guidelines for Bioconda recipes before opening a pull request (PR). General instructions If this PR adds or updates a recipe, use "Add" or "Update" appropriately as the first word ...
November 15, 2022:SRA Toolkit 3.0.1 Removed interactive requirement to configure SRA Toolkit. Changes to the repository structure: To better serve disparate groups of users, the tools/ directory of the sra-tools repository is divided into several subdirectories: ...
The SRA Toolkit and SDK from NCBI is a collection of tools and libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives. ANNOUNCEMENT: With release 2.10.0 ofsra-toolswe have added cloud-native operation for AWS and GCP environments(Linux only for this release), for use with the public...