Sratools是NCBI官方提供,用于操作SRA (reads and reference alignments) 数据的工具集合,一般常用于: 下载SRA文件, 从SRA文件中提取fastq文件。 SRA Toolkit的安装 1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-documen...
一般我们推荐是从conda来安装管理软件,但是对于这个软件采用conda安装时,需要注意软件名是sra-tools,而不是sratoolkit不要安装错了。sratoolkit 也能安装上,但是版本是2.5.7,没有3.0版的fasterq-dump子命令 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ## 注意软件名也不是prefetch conda install-y sra-to...
Sratools是NCBI官方提供,用于操作SRA (reads and reference alignments) 数据的工具集合 一般常用于下载SRA文件,从SRA文件中提取fastq,sam文件,查看SRA文件信息等 2. 安装 这里提供两种方法,选择一种安装即可,强烈建议使用Conda方式安装 2.1 Conda 安装 conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数...
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conda install-c bioconda sra-tools 2.下载数据ls 激活sratollkit环境,然后就可以用它批量下载数据了,因为数据量太大,而小果只是想作为练习,因此只下载了9个 样本的测序数据,具体方法如下: (1)查找需要下载的SRA数据的访问号(Accession Number) (2)下载Accession List,会下载一个包含所有Run编号的文本文档 ...
GitHub-sra-tools Building and Installing from Source 以下是个人简单安装使用 1.先下载已编译软件文件,解压 2.然后设置PATH变量 export PATH=$PATH:/home/maque/sratoolkit.2.5.2-ubuntu64/bin 3.使用 fastq-dump 将sra 格式文件 转换成 fastq 格式文件 ...
请参考应用sra-tools/SRA Toolkit下载NCBI序列数据执行SRA Toolkit安装,或按下述方法执行安装。 # apt工具安装SRA Toolkit,提示“Configuring med-config”直接回车继续安装即可 sudo apt install sra-toolkit # 查看fastq-dump插件版本信息,安装成功 fastq-dump -V ...
直接安装,请参考:SRA ToolKit (sra-tools) 的安装和使用配置prefetch下载路径prefetch的默认目录是配置Toolkits的路径,非常建议更改下载路径。如果是conda下载,需要激活相应conda环境;如果是直接安装,cd到sra-toolkit的安装路径下的bin 命令行输入vdb-config -i --interactive-mode textual,会有以下选项...
test-tools/ - the tools used in the NCBI-internal testing of the toolkit. The default 'make' command will now only build the external tools. To build other categories of tools, use these targets/flags: 'make all' - to build everything, including the test projects (located in sra-tools...
The SRA Toolkit and SDK from NCBI is a collection of tools and libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives. ANNOUNCEMENT: With release 2.10.0 ofsra-toolswe have added cloud-native operation for AWS and GCP environments(Linux only for this release), for use with the public...