(1) 安装sra-tools # 创建sratools环境 conda create -n sratools # 激活sratools环境 conda activate sratools # conda安装sra-tools conda install bioconda::sra-tools (2)prefetch+项目编号下载NCBI序列数据 ① 假设需要研究疣状杯形珊瑚(Pocillopora verrucosa)微生物群落, 在NCBI搜索发现PRJNA1082127属于疣状杯...
在下载中心选择“Download Tools”按钮跳转工具下载中心,选择SRA Toolkit的“Download”下载按钮跳转GITHUB官网SRA Toolkit项目下载界面,选择“MS Windows 64 bit architecture”按钮(https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-win64.zip)下载适配Windows系统的SRA ToolKit程序包sratoolkit...
1.安装SRA Tools 通过SRA Toolkit可以方便的从NCBI下载SRA数据,但是速度较慢,Aspera虽然快,但是难点在于找NCBI的源文件地址,而且SRA Toolkit好像可以调用Aspera(虽然还没找到方法) 具体操作可以参考这个帖子,下载安装很容易,主要是配置环境要配置好,不然用不了 https://blog.csdn.net/m0_69574256/article/details/13464...
1. Fetch the tar file from the canonical location at NCBI: For Ubuntu, wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz For CentOS, wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih....
conda install-y sra-tools 2.网页安装sra-tools工具 复制这个Ubuntulinux 64 bit architecture的下载链接 下载软件 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # 一般会创建一个软件管理文件夹 # 然后cd过去 cd./biosoft/wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1...
小果本期来分享用SRA Toolkit工具在NCBI的SRA数据库下载拟南芥的转录组数据Run Selector :: NCBI (nih.gov)。 SRA Toolkit是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的一款用于高通量测序数据处理的软件包,主要用于存储和分析NCBI Sequence Read Archive(SRA)中的测序数据。该工具包提供了多个命令行工具,支持从SRA下载...
SRA Toolkit可以直接下载NCBI中的SRA数据文件和参考序列并转换为fastq格式。 安装 conda install -c bioconda sra-tools或mamba install -c bioconda sra-tools 也可以直接在官网(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit)下载安装。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/tools/ https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki 常用工具 prefetch是SRA Toolkit中的工具包中提供的一个专门用来下载SRR数据的工具 fasterq-dump从 SRA 下载数据并将其转换为 FASTQ 格式的工具,比fastq-dump速度更快 ...
test-tools/ - the tools used in the NCBI-internal testing of the toolkit. The default 'make' command will now only build the external tools. To build other categories of tools, use these targets/flags: 'make all' - to build everything, including the test projects (located in sra-tools...
NCBI-SRA数据,三法速取! 如果你需要从NCBI的SRA数据库下载转录组或基因组数据,这里有三种方法可以尝试,其中第三种方法最快! 1️⃣ 直接从NCBI官网下载 🌐 你可以直接访问NCBI的官网,输入PJ/SRR号找到需要下载的数据。复制SRR编号后,回到服务器命令行,使用sratools软件下载: ```bash prefetch SRR### ```...