打开NCBI,点击图示的Download,再点击新页面的Download Tools,然后就会看见SRA Toolkit的下载,点击进去就会到对应系统的下载界面 下载地址:01. Downloading SRA Toolkit 我直接右键Ubuntu那个,然后复制链接,https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz,在终端中wget下载到我...
使用sratoolkit下载数据——sratoolkit安装配置篇 (1)进入NCBI首页 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ (2)点击Download (3)点击Download Tools (4)找到SRA Tookit,并点击Download (5)根据自己的Linux选择…
fastq-dump:https://ncbi.github.io/sra-tools/fastq-dump.html 软件地址: sra-tools github:https://github.com/ncbi/sra-tools 获取预编译程序: non-sudo sra-tools download: https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 2 下载、解压、配置: wget-c https://ftp-trace.ncbi....
4. 将sratoolkit 添加到环境变量 #进入环境变量所在的目录后输入 echo 'export PATH=~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin:$PATH' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc #这里面的~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin表示是sratoolkit 所在的目录 5. 再次测试sratoolkit 的安装 将sratoolkit路径加入环...
SRA Toolkit Compiled binaries/install scripts of May 21, 2024, version 3.1.1: CentOS Linux 64 bit architecture- non-sudo tar archive Ubuntu Linux 64 bit architecture- non-sudo tar archive Cloud - apt-get install script- for Debian and Ubuntu - requires sudo permissions ...
② 下载到本地:选择download一栏会直接下载到本地,不想下载到本地请看③ ③下载到服务器:复制下载链接到linux上下载 wget -c -b https://www.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra-reads-be/fastq?acc=DRR296014 2. 利用软件:SRA Toolkit 和 Aspera (1) SRA Toolkit ① 单个下载:指定Run编号下载 prefet...
email:sra@ncbi.nlm.nih.gov Download Visit ourdownload pagefor pre-built binaries. Change Log Please check theCHANGES.mdfile for change history. The SRA Toolkit The SRA Toolkit and SDK from NCBI is a collection of tools and libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives. ...
目前,在NCBI中下载SRA数据主要有三种方式: 利用Aspera工具下载。 利用SRA Toolkit下载。 利用wget命令直接下载。 小编的个人经验:第一种Aspera工具在批量下载时偶尔会出错。第二种SRA Toolkit的prefetch命令下载,只能将数据下载到home目录下。关于前两种方法网上有很多详细的介绍,感兴趣的朋友们可以自行搜索,我们今天主要...
使用sratoolkit下载NCBI数据 如何使用sratoolkit下载NCBI数据? 比如我想下载这个研究的数据, 使用prefetch命令,输入对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据,如果下载的数据较大,可以修改配置,比如改为最大100G prefetch --max-size 100G SRR10861695...
使用sratoolkit下载NCBI数据 使⽤sratoolkit下载NCBI数据 如何使⽤sratoolkit下载NCBI数据？⽐如我想下载这个研究的数据，使⽤prefetch命令，输⼊对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据，如果下载的数据较⼤，可以修改配置，⽐如改为最⼤100G prefetch --max-size 100G SRR10861695 如...