(4) 安装SRA Toolkit SRA Toolkit可以视为sra-tools的孪生兄弟,其二者的上述命令代码是一致的。SRA Toolkit的下载、安装和配置相对麻烦,如果已成功运行(1)和(2),可以不考虑另外下载安装SRA Toolkit。SRA Toolkit官网:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit # 创建并进入软件文件夹b...
conda install -y sra-tools 2.网页安装sra-tools工具 复制这个Ubuntu linux 64 bit architecture的下载链接 下载软件 # 一般会创建一个软件管理文件夹 # 然后cd过去 cd ./biosoft/ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64.tar.gz 解压缩软件 tar -zxvf srato...
将/path/to/sratoolkit替换为实际的解压路径。现在你应该能够在终端或命令提示符窗口中运行sratoolkit命令了。总结:使用conda下载sratoolkit(sra-tools)是一个简单而高效的方法。通过搜索和选择合适的版本,你可以轻松地安装和管理sratoolkit。如果你在Linux系统下,也可以尝试使用传统的安装方法。无论你选择哪种方法,记得...
conda install-y sra-tools 2.网页安装sra-tools工具 复制这个Ubuntulinux 64 bit architecture的下载链接 下载软件 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # 一般会创建一个软件管理文件夹 # 然后cd过去 cd./biosoft/wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-...
1.代码安装sra-stool工具 如果能顺利安装就是好事,估计大部分的时候可能安装不上~ 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 # 安装前建议先创建环境哈!! conda install-y sra-tools 2.网页安装sra-tools工具 复制这个Ubuntulinux 64 bit architecture的下载链接 ...
1.安装SRA Tools 通过SRA Toolkit可以方便的从NCBI下载SRA数据,但是速度较慢,Aspera虽然快,但是难点在于找NCBI的源文件地址,而且SRA Toolkit好像可以调用Aspera(虽然还没找到方法) 具体操作可以参考这个帖子,下载安装很容易,主要是配置环境要配置好,不然用不了 ...
GitHub-sra-tools Building and Installing from Source 以下是个人简单安装使用 1.先下载已编译软件文件,解压 2.然后设置PATH变量 export PATH=$PATH:/home/maque/sratoolkit.2.5.2-ubuntu64/bin 3.使用 fastq-dump 将sra 格式文件 转换成 fastq 格式文件 ...
ncbi/sra-toolsPublic NotificationsYou must be signed in to change notification settings Fork255 Star1.2k Code Issues84 Pull requests7 Actions Projects Wiki Security Insights Additional navigation options Andrew Klymenko edited this pageDec 12, 2024·13 revisions ...
With release 2.9.1 ofsra-toolswe have finally made available the toolfasterq-dump, a replacement for the much olderfastq-dumptool. As its name implies, it runs faster, and is better suited for large-scale conversion of SRA objects into FASTQ files that are common on sites with enough disk...
To better serve disparate groups of users, the tools/ directory of the sra-tools repository is divided into several subdirectories: external/ - the tools that comprise the end user facing sra-toolkit. These are the tools that are installed on a toolkit user's machine. This is the default ...