# prefetch下载PRJNA1082127项目SRA格式序列数据,其下载结果和后续操作都与“prefetch PRJNA1082127”命令一致。 prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt (4) 安装SRA Toolkit SRA Toolkit可以视为sra-tools的孪生兄弟,其二者的上述命令代码是一致的。SRA Toolkit的下载、
5 更改默认下载路径,按照操作就能更改。 6 找到要下载SRA文件的Accesio List,一般就是字母和数字组合。 7 下载数据 prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt 8 转换为frastq格式 fastq-dump -I raw data\sra\SRR4343277.sra fastq-dump --split-files raw data\sra\SRR4343277.sra 参考资料 利用Sra-tools...
下载 prefetch SRR10193119 1. image.png 默认是保存在 ncbi 文件夹下 这样是sra格式的数据,还需要借助 fasterq-dump转换成 fastq fasterq-dump --split-files SRR10193119.sra 1. image.png 下载的时候也可以指定数据类型 prefetch --type fastq -O ./ SRR8502595 1. 但是好像不管用,还是sra格式的数据 -...
SRA Toolkit 的prefetch wget下载数据速度很慢,比较容易断。 wget -c 下载地址 保持断点下载 ENA数据下载方法汇总https://ena-docs.readthedocs.io/en/latest/retrieval/file-download.html#using-wget 下载数据库 优先选择快速下载fq格式的数据,EBI数据库下载。
下载SRA、GEO中的测序数据,可以使用prefetch,prefetch安装并不复杂,用过的老师会发现,prefetch不能指定下载目录,默认在自己的主目录,所在的系统盘空间较小,测序数据很大,如何切换下载目录呢,本文演示windows的修改方法。 1 下载安装 打开网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software,根据...
prefetch ${id} -O ./ done 数据格式 SRA数据格式,是NCBI数据库的格式,我们下载之后,需要自己手动转换成fq格式。 SRA的数据是每一个SRR数据,是一个文件夹。 3人点赞 tools 作者:wo_monic 链接:https://www.jianshu.com/p/da75f0753178