conda install sra-tools 这将自动选择最新版本进行安装。如果你需要安装特定版本的sratoolkit,可以使用以下命令: conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本...
conda config --set show_channel_urls yes # 添加阿里云的镜像源 conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/msys2 conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/biocondaconda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main ...
conda config--setshow_channel_urls yes # 添加北京大学的镜像源 conda config--add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/conda config--add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/conda config--add channels https://mirrors.pku.edu.cn/anaconda/pkgs/ma...
2.1 Conda 安装 2.2 传统安装 3. 使用 3.1 下载SRA 3.2 抽取fastq文件 1. 介绍 Sratools是NCBI官方提供,用于操作SRA (reads and reference alignments) 数据的工具集合 一般常用于下载SRA文件,从SRA文件中提取fastq,sam文件,查看SRA文件信息等 2. 安装 这里提供两种方法,选择一种安装即可,强烈建议使用Conda方式安装...
注意最好不要用conda安装sratools,或者注意conda安装的是不是2.10以上的版本。 因为一般conda用国内镜像安装sratools安装的会是2.8版本,这会带来一些问题,那就是NCBI早就改版了,用的是https而不是http,所以使用conda安装到的2.8版本转了半天圈都不会下载任何东西给你,你需要安装比较新的2.10版本以上的 ...
conda create -n <> activate conda env conda activate <> conda list conda to install sra-tools conda install sra-tools prefetch.sra file prefetch SRR12345678 downloaded .sra file is in (instead of the current working dir): ~/ncbi/public/sra/SRR12345678.sra ...
由于个人没有使用conda安装软件,以及conda安装的sratoolkit 的版本比较老,不适应新版本的NCBI,故直接到官网上安装软件方便一些 # 01. Downloading SRA Toolkit · ncbi/sra-tools Wiki 目前sratool的最新版本只能手动下载 不能sudo安装, 进入网页后 Cloud - apt-get install script - for Debian and Ubuntu - requ...
conda activate download_raw_data 1. 下载 prefetch SRR10193119 1. image.png 默认是保存在 ncbi 文件夹下 这样是sra格式的数据,还需要借助 fasterq-dump转换成 fastq fasterq-dump --split-files SRR10193119.sra 1. image.png 下载的时候也可以指定数据类型 ...
sra-tools(2.10.0) and aspera-cli v2.9.1(aspera-connect v2.9.6 also test) were installed by conda. prefetch can download sra files in https mode. prefetch -t fasp -vv SRR955385 2019-12-11T00:03:51 prefetch.2.10.0: 'tools/ascp/disabled': not found in configuration ...
2.1 Conda 安装 conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件,重要的是可以解决软件的依赖问题) : Conda 安装使用图文详解 2.2 传统安装 下载 下载地址1:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi...