conda install sra-tools 这将自动选择最新版本进行安装。如果你需要安装特定版本的sratoolkit,可以使用以下命令: conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本...
# 添加阿里云的镜像源 conda config--add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/msys2 conda config--add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/bioconda conda config--add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main conda config--add channels https://mirrors.ali...
在终端中执行 conda install sra-tools 命令以安装 SRA Tools 的步骤如下: 打开命令行终端: 首先,你需要打开你的命令行终端。这可以通过在操作系统中搜索“终端”或“命令提示符”来完成。 输入安装命令: 在终端中输入以下命令: bash conda install sra-tools 按回车键执行命令: 输入命令后,按回车键执行。
conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件,重要的是可以解决软件的依赖问题) : Conda 安装使用图文详解 2.2 传统安装 下载 下载地址1:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software 下载地址2:https://git...
1.Conda连接不上镜像源问题 首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题。即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错。 CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors 镜像源 微信公众号 下载地址 NGS基础:测序原始数据下载 生物或医学中涉及高通量测序的论文,一般会将原始测序数据上传到...
注意最好不要用conda安装sratools,或者注意conda安装的是不是2.10以上的版本。 因为一般conda用国内镜像安装sratools安装的会是2.8版本,这会带来一些问题,那就是NCBI早就改版了,用的是https而不是http,所以使用conda安装到的2.8版本转了半天圈都不会下载任何东西给你,你需要安装比较新的2.10版本以上的 ...
$ conda update-n base-c defaults conda## Package Plan ##environment location:/root/miniconda3/envs/rnaseq added/updated specs:-sra-tools=2.10.7Thefollowing packages will be downloaded:package|build---|---curl-7.71.1|he644dc0_3140KBhttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda...
问conda创建NGS环境，sra-tools fastqc multiqc samtools bowtie2 hisat2子读EN目前，我不建议使用M1...
2.1 Conda 安装 conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件,重要的是可以解决软件的依赖问题) : Conda 安装使用图文详解 2.2 传统安装 下载 下载地址1:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi...
Prefetch miss file by aspera, test it on different computer and network. Downloading by prefetch 2.8.2 and ascp 3.5 is fine on my old server. sra-tools(2.10.0) and aspera-cli v2.9.1(aspera-connect v2.9.6 also test) were installed by conda. prefetch can download sra files in https ...