conda install sra-tools 这将自动选择最新版本进行安装。如果你需要安装特定版本的sratoolkit,可以使用以下命令: conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本...
conda config --set show_channel_urls yes # 添加阿里云的镜像源 conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/msys2 conda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/cloud/biocondaconda config --add channels https://mirrors.aliyun.com/anaconda/pkgs/main ...
2.1 Conda 安装 2.2 传统安装 3. 使用 3.1 下载SRA 3.2 抽取fastq文件 1. 介绍 Sratools是NCBI官方提供,用于操作SRA (reads and reference alignments) 数据的工具集合 一般常用于下载SRA文件,从SRA文件中提取fastq,sam文件,查看SRA文件信息等 2. 安装 这里提供两种方法,选择一种安装即可,强烈建议使用Conda方式安装...
一般常用于下载SRA文件,从SRA文件中提取fastq,sam文件,查看SRA文件信息等 2. 安装 这里提供两种方法,选择一种安装即可,强烈建议使用Conda方式安装 2.1 Conda 安装 conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件,重要的是可以解决软件的依赖问题) :Conda 安装使用图文详解...
conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件,重要的是可以解决软件的依赖问题) : Conda 安装使用图文详解 2.2 传统安装 下载 下载地址1:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=so...
Sratools是NCBI官方提供,用于操作SRA (reads and reference alignments) 数据的工具集合。 一般常用于下载SRA文件,从SRA文件中提取fastq,sam文件,查看SRA文件信息等。 1. 安装 #conda 安装 conda install -y sra-tools 2. 下载SRA数据 下载单个文件 prefetch SRR390728 ...
由于个人没有使用conda安装软件,以及conda安装的sratoolkit 的版本比较老,不适应新版本的NCBI,故直接到官网上安装软件方便一些 # 01. Downloading SRA Toolkit · ncbi/sra-tools Wiki 目前sratool的最新版本只能手动下载 不能sudo安装, 进入网页后 Cloud - apt-get install script - for Debian and Ubuntu - requ...
我是使用conda安装的这个软件,首先激活虚拟环境 conda activate download_raw_data 1. 下载 prefetch SRR10193119 1. image.png 默认是保存在 ncbi 文件夹下 这样是sra格式的数据,还需要借助 fasterq-dump转换成 fastq fasterq-dump --split-files SRR10193119.sra ...
目前，我不建议使用M1机器的生物信息学用户使用这种配置。目前还没有支持osx-arm64在生物There。我希望...
方法一:Conda 安装 conda install -y sra-tools 方法二:传统安装 已测试: wget -c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.2/sratoolkit.3.0.2-centos_linux64.tar.gz tar xzvf sratoolkit.3.0.2-centos_linux64.tar.gz vim /etc/profile ...