export PATH=$PATH:/path/to/sratoolkit/bin 将/path/to/sratoolkit替换为实际的解压路径。现在你应该能够在终端或命令提示符窗口中运行sratoolkit命令了。总结:使用conda下载sratoolkit(sra-tools)是一个简单而高效的方法。通过搜索和选择合适的版本,你可以轻松地安装和管理sratoolkit。如果你在Linux系统下,也可以尝试...
如果你看官方文档:https://anaconda.org/bioconda/sra-tools conda install -c bioconda sra-tools conda install -c "bioconda/label/cf201901" sra-tools 上面的两个方式都是可以使用conda安装,但是默认安装的说 sra-tools-2.8.0 : The following packages will be downloaded: package | build ---|---ca-...
如果你看官方文档:https://anaconda.org/bioconda/sra-tools conda install -c bioconda sra-tools conda install -c "bioconda/label/cf201901" sra-tools 上面的两个方式都是可以使用conda安装,但是默认安装的说 sra-tools-2.8.0 : The following packages will be downloaded: package | build ---|--- ca...
# 安装sra-tools #从ncbi下载sra,转化sra文件为fq # conda安装sra-tools $ conda install-y sra-tools # 调取该软件的命令的帮助文档,下面两句是重点 $ prefetch--help $ fastq-dump--help $ which prefetch # 运行结果示例如下 #/home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/prefetch # 可以看到这个命令确实你刚...
# conda安装sra-tools $ conda install -y sra-tools # 调取该软件的命令的帮助文档,下面两句是重点 $ prefetch --help $ fastq-dump --help $ which prefetch # 运行结果示例如下 # /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/prefetch # 可以看到这个命令确实你刚装的,而且存在于rna的小环境内bin的目录下 ...
五、conda安装软件 conda install -y sra-tools ##下载公共数据库测序数据 conda install -y fastqc cutadapt trim-galore fastp ##对测序文件质控 conda install -y bwa star ##两个常用的比对软件 conda install -y samtools conda install -y bcftools ...
1. 安装软件 利用以下命令安装所需的软件: conda install -y sra-tools macs2 deeptools conda install -y homer meme samtools conda install -y bowtie bowtie2 conda install -y trim-galore 软件安装在默认目录下xuyongxin/miniconda3/envs/ChIP-seq/bin ...
conda install-c"bioconda/label/cf201901"sra-tools 上面的两个方式都是可以使用conda安装,但是默认安装的说 sra-tools-2.8.0 : 代码语言:javascript 复制 The following packages will be downloaded:package|build---|---ca-certificates-2023.08.22|h06a4308_0123KBhttps://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs...
Conda的安装与使用 在服务器上使用Linux命令行安装Conda(Conda可以理解类似于应用商店或是mac里的Aapp Store。可以在conda里面安装软件,或者在conda之外安装),使用conda管理小环境和使用conda管理软件,用conda来安装和管理生信软件以及环境比较方便。 conda的安装 ...
conda install -y star hisat2 tophat bowtie2 bwa subread htseq bedtools deeptools salmon sra-tools conda指定版本: 删除环境: conda remove -n rnaseq -all 出现如下错误(可能由于网络原因部分软件没有下载,其实可以到~/miniconda/pkgs删除这一软件如:tophat;但是不知道是什么软件,故而只能来个粗暴的) ...