conda install sra-tools 这将自动选择最新版本进行安装。如果你需要安装特定版本的sratoolkit,可以使用以下命令: conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本...
如果你看官方文档:https://anaconda.org/bioconda/sra-tools conda install -c bioconda sra-tools conda install -c "bioconda/label/cf201901" sra-tools 上面的两个方式都是可以使用conda安装,但是默认安装的说 sra-tools-2.8.0 : The following packages will be downloaded: package | build ---|--- ca...
如果你看官方文档:https://anaconda.org/bioconda/sra-tools conda install -c bioconda sra-tools conda install -c "bioconda/label/cf201901" sra-tools 上面的两个方式都是可以使用conda安装,但是默认安装的说 sra-tools-2.8.0 : The following packages will be downloaded: package | build ---|---ca-...
这时候我们的用户名前面就会出现(rna) 五、conda安装软件 conda install -y sra-tools ##下载公共数据库测序数据 conda install -y fastqc cutadapt trim-galore fastp ##对测序文件质控 conda install -y bwa star ##两个常用的比对软件 conda install -y samtools conda install -y bcftools conda install -y...
# 安装sra-tools #从ncbi下载sra,转化sra文件为fq # conda安装sra-tools $ conda install -y sra-tools # 调取该软件的命令的帮助文档,下面两句是重点 $ prefetch --help $ fastq-dump --help $ which prefetch # 运行结果示例如下 # /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/prefetch ...
Conda的安装与使用 在服务器上使用Linux命令行安装Conda(Conda可以理解类似于应用商店或是mac里的Aapp Store。可以在conda里面安装软件,或者在conda之外安装),使用conda管理小环境和使用conda管理软件,用conda来安装和管理生信软件以及环境比较方便。 conda的安装 ...
1. 安装软件 利用以下命令安装所需的软件: conda install -y sra-tools macs2 deeptools conda install -y homer meme samtools conda install -y bowtie bowtie2 conda install -y trim-galore 软件安装在默认目录下xuyongxin/miniconda3/envs/ChIP-seq/bin ...
conda install-c bioconda sra-tools conda install-c"bioconda/label/cf201901"sra-tools 上面的两个方式都是可以使用conda安装,但是默认安装的说 sra-tools-2.8.0 : 代码语言:javascript 复制 The following packages will be downloaded:package|build---|---ca-certificates-2023.08.22|h06a4308_0123KBhttps:...
conda install -y star hisat2 tophat bowtie2 bwa subread htseq bedtools deeptools salmon sra-tools conda指定版本: 删除环境: conda remove -n rnaseq -all 出现如下错误(可能由于网络原因部分软件没有下载,其实可以到~/miniconda/pkgs删除这一软件如:tophat;但是不知道是什么软件,故而只能来个粗暴的) ...
因为在数据分析过程中我们要使用很多种软件,软件安装中会遇到各种问题。 第一步——conda的安装 打开termius,并登录服务器 #使用国内镜像下载conda,在家目录下输入 wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ...