export PATH=$PATH:/path/to/sratoolkit/bin 将/path/to/sratoolkit替换为实际的解压路径。现在你应该能够在终端或命令提示符窗口中运行sratoolkit命令了。总结:使用conda下载sratoolkit(sra-tools)是一个简单而高效的方法。通过搜索和选择合适的版本,你可以轻松地安装和管理sratoolkit。如果你在Linux系统下,也可以尝试...
如果你看官方文档:https://anaconda.org/bioconda/sra-tools conda install -c bioconda sra-tools conda install -c "bioconda/label/cf201901" sra-tools 上面的两个方式都是可以使用conda安装,但是默认安装的说 sra-tools-2.8.0 : The following packages will be downloaded: package | build ---|--- ca...
如果你看官方文档:https://anaconda.org/bioconda/sra-tools conda install -c bioconda sra-tools conda install -c "bioconda/label/cf201901" sra-tools 上面的两个方式都是可以使用conda安装,但是默认安装的说 sra-tools-2.8.0 : The following packages will be downloaded: package | build ---|---ca-...
conda下载报错问题处理 anconda 建立了很多环境,还有和minconda混到一起,并且清华源更新了很多次,最近使用anconda来安装包时一直提示报错, conda install bioconda::sra-toolsCollecting package metadata (current_repodata.json): failed CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.t...
# conda安装sra-tools $ conda install-y sra-tools # 调取该软件的命令的帮助文档,下面两句是重点 $ prefetch--help $ fastq-dump--help $ which prefetch # 运行结果示例如下 #/home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/prefetch # 可以看到这个命令确实你刚装的,而且存在于rna的小环境内bin的目录下 ...
1. 安装软件 利用以下命令安装所需的软件: conda install -y sra-tools macs2 deeptools conda install -y homer meme samtools conda install -y bowtie bowtie2 conda install -y trim-galore 软件安装在默认目录下xuyongxin/miniconda3/envs/ChIP-seq/bin ...
conda install-c bioconda sra-tools conda install-c"bioconda/label/cf201901"sra-tools 上面的两个方式都是可以使用conda安装,但是默认安装的说 sra-tools-2.8.0 : 代码语言:javascript 复制 The following packages will be downloaded:package|build---|---ca-certificates-2023.08.22|h06a4308_0123KBhttps:...
注意最好不要用conda安装sratools,或者注意conda安装的是不是2.10以上的版本。 因为一般conda用国内镜像安装sratools安装的会是2.8版本,这会带来一些问题,那就是NCBI早就改版了,用的是https而不是http,所以使用conda安装到的2.8版本转了半天圈都不会下载任何东西给你,你需要安装比较新的2.10版本以上的 ...
直接在搜索引擎搜索conda 清华,进入Anaconda | 镜像站使用帮助 |清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua…,找到“Miniconda 安装包可以到https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/下载。”,点击下载页面,下载软件并安装。(miniconda是anaconda的轻量级替代,安装它就不用安装anaconda,miniconda的功能足够我...
Conda的安装与使用 在服务器上使用Linux命令行安装Conda(Conda可以理解类似于应用商店或是mac里的Aapp Store。可以在conda里面安装软件,或者在conda之外安装),使用conda管理小环境和使用conda管理软件,用conda来安装和管理生信软件以及环境比较方便。 conda的安装 ...