conda install sra-tools 这将自动选择最新版本进行安装。如果你需要安装特定版本的sratoolkit,可以使用以下命令: conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本...
但是如果我们安装最新版,也是看官方文档:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit,我们通常是基于Ubuntu的Linux学徒: CentOS Linux 64 bit architecture- non-sudo tar archive Ubuntu Linux 64 bit architecture- non-sudo tar archive Cloud - apt-get install script- for Debian an...
如果你看官方文档:https://anaconda.org/bioconda/sra-tools conda install -c bioconda sra-tools conda install -c "bioconda/label/cf201901" sra-tools 上面的两个方式都是可以使用conda安装,但是默认安装的说 sra-tools-2.8.0 : The following packages will be downloaded: package | build ---|--- ca...
conda install bioconda::sra-toolsCollecting package metadata (current_repodata.json): failed CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/linux-64/current_repodata.json> Elapsed: - An HTTP error occurred when trying to retrieve this...
注意最好不要用conda安装sratools,或者注意conda安装的是不是2.10以上的版本。 因为一般conda用国内镜像安装sratools安装的会是2.8版本,这会带来一些问题,那就是NCBI早就改版了,用的是https而不是http,所以使用conda安装到的2.8版本转了半天圈都不会下载任何东西给你,你需要安装比较新的2.10版本以上的 ...
conda install -y sra-tools ##可以指定安装版本 ##conda install -y sra-tools=2.10.7 ##安装完成返回3个done,如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令 # aspera conda install -y aspera-cli -c hcc ascp --help # 可以一次安装多个软件 ...
conda install -y sra-tools macs2 deeptools conda install -y homer meme samtools conda install -y bowtie bowtie2 conda install -y trim-galore 软件安装在默认目录下xuyongxin/miniconda3/envs/ChIP-seq/bin 安装R包 这里先不安装。 查看软件是否安装成功 ...
安装方法:conda install -y sra-tools trim-galore 参数解释:-y要不要均可,是问你同不同意安装,不要的时候,需要手动输入一个y,自己尝试后就理解了这句话含义;sra-tools trim-galore安装两款软件,默认安装最新版; 注意 trim-galore 一个字都不能错,一个字都不能错,重要的事情说三遍!
conda install-c bioconda sra-tools conda install-c"bioconda/label/cf201901"sra-tools 上面的两个方式都是可以使用conda安装,但是默认安装的说 sra-tools-2.8.0 : 代码语言:javascript 复制 The following packages will be downloaded:package|build---|---ca-certificates-2023.08.22|h06a4308_0123KBhttps:...
conda install fastqc # 调出帮助文档 fastqc--help # 可以一次安装多个软件 conda install-y sra-tools trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp ## 不是通过软件名来调用帮助文档,而是软件的命令 # sra-tools prefetch--help fastq-dump--help ...