export PATH=$PATH:/path/to/sratoolkit/bin 将/path/to/sratoolkit替换为实际的解压路径。现在你应该能够在终端或命令提示符窗口中运行sratoolkit命令了。总结:使用conda下载sratoolkit(sra-tools)是一个简单而高效的方法。通过搜索和选择合适的版本,你可以轻松地安装和管理sratoolkit。如果你在Linux系统下,也可以尝试...
GitHub-sra-tools Building and Installing from Source 以下是个人简单安装使用 1.先下载已编译软件文件,解压 2.然后设置PATH变量 export PATH=$PATH:/home/maque/sratoolkit.2.5.2-ubuntu64/bin 3.使用 fastq-dump 将sra 格式文件 转换成 fastq 格式文件 fastq-dump --helpfastq-dump /media/文档/ngs/SRR1956...
prefetch -option-file Acc_number_file.csv 下载完成后可以获得对应的sra文件 sra文件 这个跟我们常见的 fastq文件并不一样,需要使用sratools的工具对其进行拆分 fastq-dump--split-3SRR893046-O fastq 除了fastq- dump 外,它还有个更快的版本。fasterq-dump可以使用,据说后者使用的是多线程,速度会快一些,但是依赖...
安装SRA-tools下载SRA数据 下载SRA、GEO中的测序数据,可以使用prefetch,prefetch安装并不复杂,用过的老师会发现,prefetch不能指定下载目录,默认在自己的主目录,所在的系统盘空间较小,测序数据很大,如何切换下载目录呢,本文演示windows的修改方法。 1 下载安装 打开网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra...