1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
以ubuntu系统为例: 下载:wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 解压:tar -xzvf sratoolkit.*.tar.gz配置下载路径: 首先进入bin/ ./vdb-config -i 按c…
1. 下载最新版SRA Toolkit 下载地址:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit(亲测github很多时候打不开) 以Centos为例,直接从NCBI下载安装包 (1)wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz" #会自动下载最新版安装包...
cache-mgr illumina-load.2sam-dump.2.11.0sra-stat.2vdb-encrypt.2cache-mgr.2illumina-load.2.11.0sam-dump-orig.2.11.0sra-stat.2.11.0vdb-encrypt.2.11.0cache-mgr.2.11.0kar sff-dump sra-tblastn vdb-lockcg-load kar.2sff-dump.2sratools.2.11.0vdb-lock.2cg-load.2kar.2.11.0sff-dump.2.11...
直接安装,请参考:SRA ToolKit (sra-tools) 的安装和使用配置prefetch下载路径prefetch的默认目录是配置Toolkits的路径,非常建议更改下载路径。如果是conda下载,需要激活相应conda环境;如果是直接安装,cd到sra-toolkit的安装路径下的bin 命令行输入vdb-config -i --interactive-mode textual,会有以下选项...
安装过程 1、从https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft/中的NCBI SRA Toolkit latest release compiled binaries and md5 checksums下载安装包。 2、将安装包sudo mv sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz -t /opt 然后 cd /opt tar xzvf sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz ...
49-sra_toolkit是常用生物信息软件的第49集视频,该合集共计53集,视频收藏或关注UP主,及时了解更多相关视频内容。
测序成本的降低和测序速度的增加导致提交到Sequence Read Archive (SRA)的数据呈爆炸性增长,于是NCBI推出了SRAtoolkit技术来对数据进行压缩,以减少存储成本,SRA toolkit可以从SRA数据库读(“dumping”)序列文件,也可以将文件写("loading")成.sra格式。由于使用了完全索引的柱状数据库(fully indexed columnar database)...
Sratools是NCBI官方提供,用于操作SRA (reads and reference alignments) 数据的工具集合 一般常用于下载SRA文件,从SRA文件中提取fastq,sam文件,查看SRA文件信息等 2. 安装 这里提供两种方法,选择一种安装即可,强烈建议使用Conda方式安装 2.1 Conda 安装 ...