1.代码安装sra-stool工具 如果能顺利安装就是好事,估计大部分的时候可能安装不上~ # 安装前建议先创建环境哈!! conda install -y sra-tools 2.网页安装sra-tools工具 复制这个Ubuntu linux 64 bit architecture的下载链接 下载软件 # 一般会创建一个软件管理文件夹 # 然后cd过去 cd ./biosoft/ wget https://...
conda clean-i 1.代码安装sra-stool工具 如果能顺利安装就是好事,估计大部分的时候可能安装不上~ 代码语言:javascript 复制 # 安装前建议先创建环境哈!! conda install-y sra-tools 2.网页安装sra-tools工具 复制这个Ubuntulinux 64 bit architecture的下载链接 下载软件 代码语言:javascript 复制 # 一般会创建一个...
conda install sra-tools 这将自动选择最新版本进行安装。如果你需要安装特定版本的sratoolkit,可以使用以下命令: conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本...
1 下载安装 打开网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software,根据需求下载软件版本,并将其解压到想放的位置。 安装位置: 2 打开终端: 开始=> 运行 => 输入“cmd”打开终端; 打开终端后,转到安装目录\bin:下,输入:vdb-config -i 打开如下界面: 3 修改下载路径: 按上下键移动...
文档-安装,使用 SRA Toolkit Documentation SRA Toolkit Installation and Configuration Guide GitHub-sra-tools Building and Installing from Source 以下是个人简单安装使用 1.先下载已编译软件文件,解压 2.然后设置PATH变量 export PATH=$PATH:/home/maque/sratoolkit.2.5.2-ubuntu64/bin ...
下载SRA、GEO中的测序数据,可以使用prefetch,prefetch安装并不复杂,用过的老师会发现,prefetch不能指定下载目录,默认在自己的主目录,所在的系统盘空间较小,测序数据很大,如何切换下载目录呢,本文演示windows的修改方法。 1 下载安装 打开网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software,根据...
2.1 Conda 安装 conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件,重要的是可以解决软件的依赖问题) :Conda 安装使用图文详解 2.2 传统安装 下载 下载地址1:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software ...
目前sratool的最新版本只能手动下载 不能sudo安装, 进入网页后 Cloud - apt-get install script - for Debian and Ubuntu - requires sudo permissions # curl安装的比较慢,时间有限不考虑这个 Ubuntu Linux 64 bit architecture - non-sudo tar archive 直接下载tar.gz文件到桌面上 tar -zxvf sratoolkit.3.0.0...
我是使用conda安装的这个软件,首先激活虚拟环境 conda activate download_raw_data 1. 下载 prefetch SRR10193119 1. image.png 默认是保存在 ncbi 文件夹下 这样是sra格式的数据,还需要借助 fasterq-dump转换成 fastq fasterq-dump --split-files SRR10193119.sra ...
目前，我不建议使用M1机器的生物信息学用户使用这种配置。目前还没有支持osx-arm64在生物There。我希望...