1.代码安装sra-stool工具 如果能顺利安装就是好事,估计大部分的时候可能安装不上~ # 安装前建议先创建环境哈!! conda install -y sra-tools 2.网页安装sra-tools工具 复制这个Ubuntu linux 64 bit architecture的下载链接 下载软件 # 一般会创建一个软件管理文件夹 # 然后cd过去 cd ./biosoft/ wget https://...
1.代码安装sra-stool工具 如果能顺利安装就是好事,估计大部分的时候可能安装不上~ 代码语言:javascript 复制 # 安装前建议先创建环境哈!! conda install-y sra-tools 2.网页安装sra-tools工具 复制这个Ubuntulinux 64 bit architecture的下载链接 下载软件 代码语言:javascript 复制 # 一般会创建一个软件管理文件夹 ...
1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
直接安装,请参考:SRA ToolKit (sra-tools) 的安装和使用配置prefetch下载路径prefetch的默认目录是配置Toolkits的路径,非常建议更改下载路径。如果是conda下载,需要激活相应conda环境;如果是直接安装,cd到sra-toolkit的安装路径下的bin 命令行输入vdb-config -i --interactive-mode textual,会有以下选项...
安装SRA-tools下载SRA数据 下载SRA、GEO中的测序数据,可以使用prefetch,prefetch安装并不复杂,用过的老师会发现,prefetch不能指定下载目录,默认在自己的主目录,所在的系统盘空间较小,测序数据很大,如何切换下载目录呢,本文演示windows的修改方法。 1 下载安装 ...
cache-mgr illumina-load.2sam-dump.2.11.0sra-stat.2vdb-encrypt.2cache-mgr.2illumina-load.2.11.0sam-dump-orig.2.11.0sra-stat.2.11.0vdb-encrypt.2.11.0cache-mgr.2.11.0kar sff-dump sra-tblastn vdb-lockcg-load kar.2sff-dump.2sratools.2.11.0vdb-lock.2cg-load.2kar.2.11.0sff-dump.2.11...
这将自动选择最新版本进行安装。如果你需要安装特定版本的sratoolkit,可以使用以下命令: conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本的sratoolkit。等待安装完成...
(1)安装路径为/usr/local/opt/sratoolkit/3.1.1,可以根据实际情况修改; (2)本文适用于Debian和Ubuntu,CentOS等请参考https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit; (3)文中只演示了prefetch和fastq-dump如何加入到PATH中,其他命令可以如法炮制。
下载SRA、GEO中的测序数据,可以使用prefetch,prefetch安装并不复杂,用过的老师会发现,prefetch不能指定下载目录,默认在自己的主目录,所在的系统盘空间较小,测序数据很大,如何切换下载目录呢,本文演示windows的修改方法。 1 下载安装 打开网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software,根据...