下载并解压安装包 wget-c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz tar-zxvf sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz 加入环境变量或每次运行前运行命令 exportPATH=/work/home/acwnw4bl7y/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64/bin/:$PATH 测试 prefetc...
echo "export PATH=\$PATH:/home/sratoolkit/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin" >> ~/.bashrc source ~/.bashrc fastq-dump -h 安装到fastq-dump -h时报错,按照报错原因运行 vdb-config --interactive即可 image.png sra toolkit使用 SRA检索,以brca为例,可以在NCBI sra数据库检索到大量的测序数据,另外paper...
由于个人没有使用conda安装软件,以及conda安装的sratoolkit 的版本比较老,不适应新版本的NCBI,故直接到官网上安装软件方便一些 # 01. Downloading SRA Toolkit · ncbi/sra-tools Wiki 目前sratool的最新版本只能手动下载 不能sudo安装, 进入网页后 Cloud - apt-get install script - for Debian and Ubuntu - requ...
双击“path”点击 ”新建“,然后将sratoolkit文件夹路径复制即配置完成。 4.运行cmd,打开sratool文件夹里面的bin,复制路径并输入bin\prefetch.exe-h查看软件能否正常运行。一般情况下第一次安装都会报错,显示错误原因没有配置,按照提示来输入vdb-config --interactive出现配置界面,但是不需要改动,直接输入S,再按X退出。
For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/ 直接到sratoolkit.2.11.0-centos_linux64 安装目录下执行vdb-config --interactive 命令后弹出下面窗口直接关闭就可以了 (base)[root@localhost sratoolkit.2.11.0-centos_linux64]# vdb-config--interactive ...
linux 中 prefetch命令批量下载sra测序数据 001、 prefetch的安装 a、现在 NCBI官网:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ b、 c、 d、 e、 解压、找到可执行程序 [root@pc1 software02]# ls sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz## 解压[root@pc1 software02]# tar-xzvf sratoolkit.3.0.7-centos_linux...
2. 查找并安装适用于Linux的SRA Toolkit软件包 SRA Toolkit提供了用于访问和操作SRA数据库中数据的工具,包括将sra文件转换为fastq格式的功能。安装SRA Toolkit的步骤如下: 下载SRA Toolkit: 可以从NCBI的FTP服务器下载SRA Toolkit。访问 SRA Toolkit下载页面 选择适合您Linux发行版的版本下载。 bash wget http://ftp...
Debian系的Linux发行版使用apt安装软件 sudo apt update##与yum update类似 sudo apt upgrade##升级软件 sudo apt install <package>##与yum install类似 2. 通过软件官方网站下载源文件或编译好的包安装 #例子:下载安装sratoolkit wget ht...
## trim-galore安装→trim_galore、cutadapt调用 ## ensembl-vep安装→vep调用 ## sra-tools安装→sratoolkit调用 # sra-tools不是通过软件名来调用帮助文档,而是软件的命令 prefetch --help prefetch --help whichprefetch # trim-galore trim_galore --help ...
首先下载SRA-toolkit的代码包,使用wget lisa@lisa-VirtualBox:~$ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6-1/sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64.tar.gz 得到tar.gz文件后使用tar zvxf命令解压 lisa@lisa-VirtualBox:~$ tar zvxf sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz ...