1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
以ubuntu系统为例: 下载:wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 解压:tar -xzvf sratoolkit.*.tar.gz配置下载路径: 首先进入bin/ ./vdb-config -i 按c…
下载并解压安装包 wget-c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz tar-zxvf sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz 加入环境变量或每次运行前运行命令 exportPATH=/work/home/acwnw4bl7y/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64/bin/:$PATH 测试 prefetc...
(1)安装路径为/usr/local/opt/sratoolkit/3.1.1,可以根据实际情况修改; (2)本文适用于Debian和Ubuntu,CentOS等请参考https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit; (3)文中只演示了prefetch和fastq-dump如何加入到PATH中,其他命令可以如法炮制。
[root@PC3 bin]#./fastq-dumpThis sra toolkit installation has not been configured.Before continuing, please run:vdb-config --interactiveFor more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/ 14、 [root@PC3 bin]# ls ...
一、安装 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz tar -vxzf sratoolkit.tar.gzecho"export PATH=$PATH:/home/liuxin/sratoolkit/bin">> ~/.bashrcsource~/.bashrccdsratoolkit ...
view=software https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-win64.zip 安装,解压即可 配置 添加环境变量 Path bin\prefetch.exe 序列号 bin\prefetch.exe 1. 2. bin\prefetch.exe --option-file C:\SRR_Acc_List.txt 1....
7、sraToolkit安装使用 7、sraToolkit安装使⽤ ⼀. window 1.下载地址：2.下载：数据下载地址：其他地址：⼆ linux 1、下载安装 tar zxf asper-commect-3.6.1.110647-linux.tar.gz sh aspera-connect-2.4.7.37118-linux-64.sh 2、##加⼊路径 echo "alias acsp=/home/sxuan/.aspera/connect/bin/...
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#SRA Toolkit下载及其安装 1、使用wget下载对应版本的SRA Toolkit Ubuntu Linux 64 bit architecture - non-sudo tar archive wget -P ~/Biosofts/链接 2、使用tar命令解压缩文件 tar zvxf ~/Seqs/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar 发布于 2022-07-25 11:00 ...