2.3 将sratoolkit路径添加到环境变量 export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.3.0.0-mac64/bin 2.4 验证 shell 是否能找到二进制文件 which fastq-dump 2.5 测试工具包是否正常运行(若输出以下内容则表明安装成功) fastq-dump --stdout -X 2 SRR390728 SRA Toolkit的使用 官方文档:https://trace.ncbi.nlm.nih.go...
以ubuntu系统为例: 下载:wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 解压:tar -xzvf sratoolkit.*.tar.gz配置下载路径: 首先进入bin/ ./vdb-config -i 按c…
(1)安装路径为/usr/local/opt/sratoolkit/3.1.1,可以根据实际情况修改; (2)本文适用于Debian和Ubuntu,CentOS等请参考https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit; (3)文中只演示了prefetch和fastq-dump如何加入到PATH中,其他命令可以如法炮制。
下载并解压安装包 wget-c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz tar-zxvf sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz 加入环境变量或每次运行前运行命令 exportPATH=/work/home/acwnw4bl7y/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64/bin/:$PATH 测试 prefetc...
[root@PC3 bin]#./fastq-dumpThis sra toolkit installation has not been configured.Before continuing, please run:vdb-config --interactiveFor more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/ 14、 [root@PC3 bin]# ls ...
一、安装 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz tar -vxzf sratoolkit.tar.gzecho"export PATH=$PATH:/home/liuxin/sratoolkit/bin">> ~/.bashrcsource~/.bashrccdsratoolkit ...
view=software https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-win64.zip 安装,解压即可 配置 添加环境变量 Path bin\prefetch.exe 序列号 bin\prefetch.exe 1. 2. bin\prefetch.exe --option-file C:\SRR_Acc_List.txt 1....
7、sraToolkit安装使用 7、sraToolkit安装使⽤ ⼀. window 1.下载地址：2.下载：数据下载地址：其他地址：⼆ linux 1、下载安装 tar zxf asper-commect-3.6.1.110647-linux.tar.gz sh aspera-connect-2.4.7.37118-linux-64.sh 2、##加⼊路径 echo "alias acsp=/home/sxuan/.aspera/connect/bin/...
51CTO博客已为您找到关于ubuntu 安装sra toolkit的相关内容,包含IT学习相关文档代码介绍、相关教程视频课程,以及ubuntu 安装sra toolkit问答内容。更多ubuntu 安装sra toolkit相关解答可以来51CTO博客参与分享和学习,帮助广大IT技术人实现成长和进步。
安装sratoolkit: 从NCBI下载sratoolki2.10.7。按照网页要求提示即可。 网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc 我认为这个工具是免安装的,下载到本地,配置一下即可(配置不可少,我下面的折腾就是没有配置、配置错误导致的)。