echo 'export PATH=~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin:$PATH' >> ~/.bashrcsource ~/.bashrc 5、再次测试sratoolkit安装情况 fastq-dump prefetch -h # 可以显示帮助文档就说明安装成功 如果要下载数据比如SRR文件,直接加ID号,指定输出目录就好 prefetch SRRxxxxxxx -O PATH 数据下载 #cat >SRR_Acc_...
[root@PC3 test]# lssratoolkit.2.11.0-centos_linux64sratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz 12、 [root@PC3 test]#cd sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/[root@PC3 sratoolkit.2.11.0-centos_linux64]#lsbin CHANGES example README-blastn README.md README-vdb-config schema [root@PC3 sratoolki...
@[TOC](SraToolkit 下载与安装) 第一步:进入NCBI选择“Download”, 进入后选择“Download Tools”工具下载。 在这里插入图片描述 在这里插入图片描述 第二步:选择“SRA Toolkit”的“Download”按钮,进入版本选择,此处我选择的是“CentOS Linux 64 bit architecture ”,若想在linux系统中下载,可选择右键“复制链接地...
[root@PC3 test]# lssratoolkit.2.11.0-centos_linux64sratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz 1. 2. 12、 [root@PC3 test]#cd sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/[root@PC3 sratoolkit.2.11.0-centos_linux64]#lsbin CHANGES example README-blastn README.md README-vdb-config schema [root@PC3...
prefetch的默认目录是配置Toolkits的路径,非常建议更改下载路径。如果是conda下载,需要激活相应conda环境;如果是直接安装,cd到sra-toolkit的安装路径下的bin 命令行输入vdb-config -i --interactive-mode textual,会有以下选项$ vdb-config -i --interactive-mode textual vdb-config interactive data source NCBI SRA:...
下载:wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 解压:tar -xzvf sratoolkit.*.tar.gz 配置下载路径: 首先进入bin/ ./vdb-config -i 按c切换页面按o输入路径 按s和x保存退出 加入环境路径: echo 'export export PATH=$PATH:/home/liaoyanlin/software...
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.1/sratoolkit.2.11.1-centos_linux64.tar.gz 2. 解压安装 下载之后使用tar命令解压后就可以直接使用 tar zvxf sratoolkit.2.11.1-centos_linux64.tar.gz 3. 测试安装是否成功 #输入软件所在位置并输入 -h~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin...
单细胞测序技术中，Aspera Connect和SRA Toolkit是常用的下载工具，以下是它们的下载和安装方法。Aspera Connect安装 首先，使用wget下载Aspera Connect软件包：wget download.asperasoft.com...然后解压缩下载的文件：tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz 接下来，运行安装脚本：bash ...
下载sratoolkit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-win64.zip 安装,解压即可 配置 添加环境变量 Path bin\prefetch.exe 序列号 bin\prefetch.exe ...
访问SRA Toolkit的Github主页(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit#ncbi-sra-toolkit)，下载适配Windows系统的程序版本安装包sratoolkit.3.1.1-win64.zip；② 解压缩安装包 解压缩安装包到C盘用户文件夹下(以桌面文件夹作示例C:\Users\liulanzhou\Desktop\sratoolkit\sratoolkit.3...