访问NCBI官网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),选择“Download”按钮跳转NCBI官网下载中心,在下载中心选择“Download Tools”按钮跳转工具下载中心,选择SRA Toolkit的“Download”下载按钮跳转GITHUB官网SRA Toolkit项目下载界面,选择“MS Windows 64 bit architecture”按钮(https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sd...
1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
1. 下载最新版SRA Toolkit 下载地址:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit(亲测github很多时候打不开) 以Centos为例,直接从NCBI下载安装包 (1)wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz" #会自动下载最新版安装包...
export PATH=$PATH:/path/to/sratoolkit/bin 将/path/to/sratoolkit替换为实际的解压路径。现在你应该能够在终端或命令提示符窗口中运行sratoolkit命令了。总结:使用conda下载sratoolkit(sra-tools)是一个简单而高效的方法。通过搜索和选择合适的版本,你可以轻松地安装和管理sratoolkit。如果你在Linux系统下,也可以尝试...
SRAToolkit INSTALLATION 一、安装 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz tar -vxzf sratoolkit.tar.gzecho"export PATH=$PATH:/home/liuxin/sratoolkit/bin">> ~/.bashrcsource~/.bashrccdsratoolkit ...
1、从https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft/中的NCBI SRA Toolkit latest release compiled binaries and md5 checksums下载安装包。 2、将安装包sudo mv sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz -t /opt 然后 cd /opt tar xzvf sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz ...
6、centos和redhed 使用软件一致 因此选择: 7、 [root@PC3 test]#wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz 8、进度 9、 [root@PC3 test]# lssratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz ...
7、sraToolkit安装使用 7、sraToolkit安装使⽤ ⼀. window 1.下载地址：2.下载：数据下载地址：其他地址：⼆ linux 1、下载安装 tar zxf asper-commect-3.6.1.110647-linux.tar.gz sh aspera-connect-2.4.7.37118-linux-64.sh 2、##加⼊路径 echo "alias acsp=/home/sxuan/.aspera/connect/bin/...
SRAtoolkit使用,SRAtoolkit使用1.下载安装:http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=std.sra转fastq文件:待完成
window下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq 并将fastq转换成fasta文件 1.ncbi下载sra文件 ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR002/SRR002644/SRR002644.sra ftp://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR003/SRR003161/SRR003161.sra...