1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
绝大部分高通量测序原始数据会上传到NCBI的SRA数据库。可以找到需要的数据直接点击下载,推荐使用NCBI官方提供的 SRA Toolkit工具下载。 1.下载sratoolkit(ubuntu22.04系统) #下载sratoolkit,解压 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-ubuntu64.tar.gz mkdir ~/Bio_software...
export PATH=$PATH:/path/to/sratoolkit/bin 将/path/to/sratoolkit替换为实际的解压路径。现在你应该能够在终端或命令提示符窗口中运行sratoolkit命令了。总结:使用conda下载sratoolkit(sra-tools)是一个简单而高效的方法。通过搜索和选择合适的版本,你可以轻松地安装和管理sratoolkit。如果你在Linux系统下,也可以尝试...
1. 下载最新版SRA Toolkit 下载地址:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit(亲测github很多时候打不开) 以Centos为例,直接从NCBI下载安装包 (1)wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz" #会自动下载最新版安装包...
6、centos和redhed 使用软件一致 因此选择: 7、 [root@PC3 test]#wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz 8、进度 9、 [root@PC3 test]# lssratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz ...
echo "export PATH=\$PATH:/home/sratoolkit/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin" >> ~/.bashrc source ~/.bashrc fastq-dump -h 安装到fastq-dump -h时报错,按照报错原因运行 vdb-config --interactive即可 image.png sra toolkit使用 SRA检索,以brca为例,可以在NCBI sra数据库检索到大量的测序数据,另外paper...
SRAToolkit INSTALLATION 一、安装 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz tar -vxzf sratoolkit.tar.gzecho"export PATH=$PATH:/home/liuxin/sratoolkit/bin">> ~/.bashrcsource~/.bashrccdsratoolkit ...
7、sraToolkit安装使⽤ ⼀. window 1.下载地址：2.下载：数据下载地址：其他地址：⼆ linux 1、下载安装 tar zxf asper-commect-3.6.1.110647-linux.tar.gz sh aspera-connect-2.4.7.37118-linux-64.sh 2、##加⼊路径 echo "alias acsp=/home/sxuan/.aspera/connect/bin/ascp" >> ~/....
SRAtoolkit使用 SRAtoolkit使用 1.下载安装: http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=std .sra转fastq文件: 待完成
ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq文件: 环境:ubuntu14.04 sratoolkit.2.5.5-ubuntu64 1. 1.下载 下载地址: http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software# 2.将sra转换成fastq: ...