在下载中心选择“Download Tools”按钮跳转工具下载中心,选择SRA Toolkit的“Download”下载按钮跳转GITHUB官网SRA Toolkit项目下载界面,选择“MS Windows 64 bit architecture”按钮(https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-win64.zip)下载适配Windows系统的SRA ToolKit程序包sratoolkit...
在Ubuntu系统上使用SRA Toolkit主要涉及下载、安装、配置环境变量以及使用SRA Toolkit提供的工具(如prefetch和fastq-dump)来下载和处理SRA数据。 1. 下载SRA Toolkit SRA Toolkit可以从NCBI的FTP服务器下载。你可以使用wget命令来下载。 bash wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.curr...
1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
export PATH=$PATH:/path/to/sratoolkit/bin 将/path/to/sratoolkit替换为实际的解压路径。现在你应该能够在终端或命令提示符窗口中运行sratoolkit命令了。总结:使用conda下载sratoolkit(sra-tools)是一个简单而高效的方法。通过搜索和选择合适的版本,你可以轻松地安装和管理sratoolkit。如果你在Linux系统下,也可以尝试...
6、centos和redhed 使用软件一致 因此选择: 7、 [root@PC3 test]#wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz 8、进度 9、 [root@PC3 test]# lssratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz ...
SRAToolkit INSTALLATION 一、安装 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz tar -vxzf sratoolkit.tar.gzecho"export PATH=$PATH:/home/liuxin/sratoolkit/bin">> ~/.bashrcsource~/.bashrccdsratoolkit ...
使用sratoolkit下载NCBI数据 使⽤sratoolkit下载NCBI数据 如何使⽤sratoolkit下载NCBI数据？⽐如我想下载这个研究的数据，使⽤prefetch命令，输⼊对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据，如果下载的数据较⼤，可以修改配置，⽐如改为最⼤100G prefetch --max-size 100G SRR10861695 如...
SRAtoolkit使用 SRAtoolkit使用 1.下载安装: http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=std .sra转fastq文件: 待完成
ubuntu下使用sratoolkit将sra文件转换成fastq文件: 环境:ubuntu14.04 sratoolkit.2.5.5-ubuntu64 1. 1.下载 下载地址: http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software# 2.将sra转换成fastq: ...
造成我在linux环境下不能使用aspera下载,只好在Windows下,下载了再上传到linux服务器。 一、工具下载 1.从ncbi下载sratoolkit工具,打开ncbi.aspera下载,只好在Windows下,下载了再上传到linux服务器。 一、工具下载 1.从ncbi下载sratoolkit工具,打开ncbi,到这个界面根据系统下载你...