可以找到需要的数据直接点击下载,推荐使用NCBI官方提供的 SRA Toolkit工具下载。 1.下载sratoolkit(ubuntu22.04系统) #下载sratoolkit,解压 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-ubuntu64.tar.gz mkdir ~/Bio_software #建立一个专门存放软件的路径 mv ./sratoolkit.3.0....
1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
下载数据[1][#fn1] 拆分双端数据 如有需要,可以参考Debian安装SRAToolkit[https://www.jianshu.com/p/ec043ff2b5dc...
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software 我们的服务器使用的是centos操作系统,可以使用wget命令直接下载到服务器端,命令如下 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.1/sratoolkit.2.11.1-centos_linux64.tar.gz 2. 解压安装 下载之后使用tar命令解压后就可以直接...
使用sratoolkit下载NCBI数据 如何使用sratoolkit下载NCBI数据? 比如我想下载这个研究的数据, 使用prefetch命令,输入对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据,如果下载的数据较大,可以修改配置,比如改为最大100G prefetch --max-size 100G SRR10861695...
使用sratoolkit下载NCBI数据 使⽤sratoolkit下载NCBI数据 如何使⽤sratoolkit下载NCBI数据？⽐如我想下载这个研究的数据，使⽤prefetch命令，输⼊对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据，如果下载的数据较⼤，可以修改配置，⽐如改为最⼤100G prefetch --max-size 100G SRR10861695 如...
造成我在linux环境下不能使用aspera下载,只好在Windows下,下载了再上传到linux服务器。 一、工具下载 1.从ncbi下载sratoolkit工具,打开ncbi.aspera下载,只好在Windows下,下载了再上传到linux服务器。 一、工具下载 1.从ncbi下载sratoolkit工具,打开ncbi,到这个界面根据系统下载你...
生信学霸揭秘生信分析的全流程!1. 下载数据选择数据源:常用的数据库有GEO、TCGA、ENSEMBL等。确定数据类型:根据研究需求选择适合的RNA-seq、ChIP-seq、ATAC-seq等数据类型。数据下载工具:使用SRA To - 科研生信SCI于20240722发布在抖音,已经收获了1359个喜欢,来抖
一、工具下载 1.从ncbi下载sratoolkit工具,打开ncbi,到这个界面根据系统下载需要的sratoolkit,Windows 64位,于是就是下载倒数第二个。 2. 下载速度挺快的,之后得到一个压缩包,我们可以解压到指定的盘。 3.这个时候还不能直接用sratoolkit软件,还需要对电脑进行配置。
(1) 下载SRA ToolKit工具 访问NCBI官网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/),选择“Download”按钮跳转NCBI官网下载中心,在下载中心选择“Download Tools”按钮跳转工具下载中心,选择SRA Toolkit的“Download”下载按钮跳转GITHUB官网SRA Toolkit项目下载界面,选择“MS Windows 64 bit architecture”按钮(https://ftp-trace...