SRA Toolkit(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra)是一款跨操作系统平台的(MS Windows/Linux/Mac),用于下载、处理和转化SRA格式文件的工具,包括fasta、fastq、sff和Illumina native等数据格式。本文重点演示在Linux系统和Windows系统下使用SRA Toolkit工具的fastq-dump插件实现SRA-fastq格式转换,部分重复内容请参考应用sra...
cd sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/ ./bin/prefetch ./bin/fastq-dump 2.使用 比如我下载一个大肠杆菌的二代数据,选择SRA,输入大肠杆菌 点击之后,就是下方的页面,根据SRR号使用上方的软件就能下载R1、R2的数据 ./sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/prefetch SRR26864896 #会生成一个SRR26864896的目录,里...
SRA(Sequence ReadArchive)数据库用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD等。 SRA Toolkit可以直接下载NCBI中的SRA数据文件和参考序列并转换为fastq格式。 安装 conda install -c bioconda sra-tools或mamba install -c bioconda sra-tools 也可以直接在官网(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01...
fastq-dump:https://ncbi.github.io/sra-tools/fastq-dump.html 软件地址: sra-tools github:https://github.com/ncbi/sra-tools 获取预编译程序: non-sudo sra-tools download: https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 2 下载、解压、配置: wget-c https://ftp-trace.ncbi....
将/path/to/sratoolkit替换为实际的解压路径。现在你应该能够在终端或命令提示符窗口中运行sratoolkit命令了。总结:使用conda下载sratoolkit(sra-tools)是一个简单而高效的方法。通过搜索和选择合适的版本,你可以轻松地安装和管理sratoolkit。如果你在Linux系统下,也可以尝试使用传统的安装方法。无论你选择哪种方法,记得...
[root@PC3 bin]#./fastq-dumpThis sra toolkit installation has not been configured.Before continuing, please run:vdb-config --interactiveFor more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/ 14、 [root@PC3 bin]# ls ...
下载之后使用tar命令解压后就可以直接使用 tar zvxf sratoolkit.2.11.1-centos_linux64.tar.gz 3. 测试安装是否成功 #输入软件所在位置并输入 -h~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump-h 若显示如下图则可以使用了 image.png 也可以用conda快捷安装 ...
下载sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz, 可以wget, 但推荐本地下载后传入. 传入目标文件夹, 如/dev/sda1/home/tenney/app/sratoolkit/, 并在终端中进入该地址, 如cd /dev/sda1/home/tenney/app/sratoolkit/, 对文件解压, tar -vxzf sratoolkit.tar.gz, 注意tar -vxzf后的内容可能产生变化, 以...
进入sratoolkit中bin文件夹:输入 cd /Users/apple/Desktop/sratoolkit.2.9.6-1-mac64/bin ./vdb-config -i 按上下键移动,到Change,回车后选择对应的目录『该目录必须为空』,移动到Save回车后,移动到Exit回车 7.开始下载原始数据 打开终端 输入 for sample in $(cat /Volumes/RNAseq/SRP119720/SRR_Acc_List...
1、使用wget下载对应版本的SRA Toolkit：wget -P ~/Biosofts/ ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov...2、使用tar命令解压缩文件：tar zvxf ~/Seqs/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz -C ~/Biosofts 3、测试安装是否成功：~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump -h 4、将sra...