在下载中心选择“Download Tools”按钮跳转工具下载中心,选择SRA Toolkit的“Download”下载按钮跳转GITHUB官网SRA Toolkit项目下载界面,选择“MS Windows 64 bit architecture”按钮(https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-win64.zip)下载适配Windows系统的SRA ToolKit程序包sratoolkit...
1.下载 我下载的是3.0.7版本 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz #wget下载太慢了,我直接下载到本地然后传输的 tar -xzvf sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz cd sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/ ./bin/prefetch ./bin/fastq-...
这将解压sratoolkit文件到当前目录。接下来,将解压后的路径添加到环境变量中: export PATH=$PATH:/path/to/sratoolkit/bin 将/path/to/sratoolkit替换为实际的解压路径。现在你应该能够在终端或命令提示符窗口中运行sratoolkit命令了。总结:使用conda下载sratoolkit(sra-tools)是一个简单而高效的方法。通过搜索和选择...
[root@PC3 bin]#fastq-dumpUsage:/home/software/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.11.0[options] <path> [<path>...]/home/software/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.11.0[options] <accession>Use option--helpformore information/home/software/sratoolkit.2.11.0-...
下载sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz, 可以wget, 但推荐本地下载后传入. 传入目标文件夹, 如/dev/sda1/home/tenney/app/sratoolkit/, 并在终端中进入该地址, 如cd /dev/sda1/home/tenney/app/sratoolkit/, 对文件解压, tar -vxzf sratoolkit.tar.gz, 注意tar -vxzf后的内容可能产生变化, 以...
使用SRA toolkit下载数据时需要注意什么? 1.sra toolkit 的安装 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz tar -zxvf sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz #添加环境变量 echo 'export export PATH=...
使用sratoolkit下载NCBI数据 如何使用sratoolkit下载NCBI数据? 比如我想下载这个研究的数据, 使用prefetch命令,输入对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据,如果下载的数据较大,可以修改配置,比如改为最大100G prefetch --max-size 100G SRR10861695...
使用sratoolkit下载NCBI数据 使⽤sratoolkit下载NCBI数据 如何使⽤sratoolkit下载NCBI数据？⽐如我想下载这个研究的数据，使⽤prefetch命令，输⼊对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据，如果下载的数据较⼤，可以修改配置，⽐如改为最⼤100G prefetch --max-size 100G SRR10861695 如...
造成我在linux环境下不能使用aspera下载,只好在Windows下,下载了再上传到linux服务器。 一、工具下载 1.从ncbi下载sratoolkit工具,打开ncbi.aspera下载,只好在Windows下,下载了再上传到linux服务器。 一、工具下载 1.从ncbi下载sratoolkit工具,打开ncbi,到这个界面根据系统下载你...
小果本期来分享用SRA Toolkit工具在NCBI的SRA数据库下载拟南芥的转录组数据Run Selector :: NCBI (nih.gov)。 SRA Toolkit是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的一款用于高通量测序数据处理的软件包,主要用于存储和分析NCBI Sequence Read Archive(SRA)中的测序数据。该工具包提供了多个命令行工具,支持从SRA下载...