cd sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/ ./bin/prefetch ./bin/fastq-dump 2.使用 比如我下载一个大肠杆菌的二代数据,选择SRA,输入大肠杆菌 点击之后,就是下方的页面,根据SRR号使用上方的软件就能下载R1、R2的数据 ./sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/prefetch SRR26864896 #会生成一个SRR26864896的目录,里...
SRA Toolkit(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra)是一款跨操作系统平台的(MS Windows/Linux/Mac),用于下载、处理和转化SRA格式文件的工具,包括fasta、fastq、sff和Illumina native等数据格式。本文重点演示在Linux系统和Windows系统下使用SRA Toolkit工具的fastq-dump插件实现SRA-fastq格式转换,部分重复内容请参考应用sra...
fastq-dump:https://ncbi.github.io/sra-tools/fastq-dump.html 软件地址: sra-tools github:https://github.com/ncbi/sra-tools 获取预编译程序: non-sudo sra-tools download: https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 2 下载、解压、配置: wget-c https://ftp-trace.ncbi....
将sratoolkit路径加入环境变量之后就可以直接使用sratoolkit了,不需要每次使用时再输入安装路径: 输入 fastq-dump-h 屏幕显示为 image.png 则表示可以使用了。 6. 更改下载路径 若不修改,则下载到~/ncbi/public/sra 目录下, 在服务器上通常需要下载到指定目录, 所以安装好以后需要更改默认下载目录. 找到并进入srat...
SRA(Sequence ReadArchive)数据库用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD等。 SRA Toolkit可以直接下载NCBI中的SRA数据文件和参考序列并转换为fastq格式。 安装 conda install -c bioconda sra-tools或mamba install -c bioconda sra-tools 也可以直接在官网(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01...
export PATH=$PATH:/path/to/sratoolkit/bin 将/path/to/sratoolkit替换为实际的解压路径。现在你应该能够在终端或命令提示符窗口中运行sratoolkit命令了。总结:使用conda下载sratoolkit(sra-tools)是一个简单而高效的方法。通过搜索和选择合适的版本,你可以轻松地安装和管理sratoolkit。如果你在Linux系统下,也可以尝试...
[root@PC3 sratoolkit.2.11.0-centos_linux64]#cd bin/[root@PC3 bin]# ls abi-dump fasterq-dump-orig.2.11.0pacbio-load srapath-orig.2.11.0test-sra.2.11.0abi-dump.2fastq-dump pacbio-load.2sra-pileup vdb-config abi-dump.2.11.0fastq-dump.2pacbio-load.2.11.0sra-pileup.2vdb-config.2...
下载sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz, 可以wget, 但推荐本地下载后传入. 传入目标文件夹, 如/dev/sda1/home/tenney/app/sratoolkit/, 并在终端中进入该地址, 如cd /dev/sda1/home/tenney/app/sratoolkit/, 对文件解压, tar -vxzf sratoolkit.tar.gz, 注意tar -vxzf后的内容可能产生变化, 以...
本期和大家分享糯米饭在使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips,时间宝贵,直接上干货。 1.明确Project:SRP119720,打开浏览器,输入: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP119720&o=acc_s%3Aa 2.下载:Accession List「获得SRR_Acc_List.txt」;其打开后格式如下「糯米饭使用的是TextMa...
SRA toolkit下载数据 1.sra toolkit 的安装 代码语言:javascript 复制 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz tar-zxvf sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz #添加环境变量 echo'export export PATH=$PATH:/yourpath/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin'...