下载并解压安装包 wget-c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz tar-zxvf sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz 加入环境变量或每次运行前运行命令 exportPATH=/work/home/acwnw4bl7y/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64/bin/:$PATH 测试 prefetc...
echo "export PATH=\$PATH:/home/sratoolkit/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin" >> ~/.bashrc source ~/.bashrc fastq-dump -h 安装到fastq-dump -h时报错,按照报错原因运行 vdb-config --interactive即可 image.png sra toolkit使用 SRA检索,以brca为例,可以在NCBI sra数据库检索到大量的测序数据,另外paper...
# 01. Downloading SRA Toolkit · ncbi/sra-tools Wiki 目前sratool的最新版本只能手动下载 不能sudo安装, 进入网页后 Cloud - apt-get install script - for Debian and Ubuntu - requires sudo permissions # curl安装的比较慢,时间有限不考虑这个 Ubuntu Linux 64 bit architecture - non-sudo tar archive ...
SRA(Sequence Read Archive)是 NCBI 提供的生物信息学数据库,储存了大量的测序数据。在 Linux 系统上下载 SRA 数据的方法如下: 1. 安装 SRA Toolkit:SRA Toolkit 是 NCBI 提供的一款工具箱,包含了使用 SRA 数据的各种工具和命令。你可以从 SRA Toolkit 的下载页面下载对应版本的工具箱,并按照说明进行安装。 2....
1.从ncbi下载sratoolkit工具,打开ncbi,到这个界面根据系统下载需要的sratoolkit,Windows 64位,于是就是下载倒数第二个。 2. 下载速度挺快的,之后得到一个压缩包,我们可以解压到指定的盘。 3.这个时候还不能直接用sratoolkit软件,还需要对电脑进行配置。
一、下载SRA序列文件 下载SRA序列文件的多种方法请参考应用sra-tools/SRA Toolkit下载NCBI序列数据。本文提供适配Windows系统的程序版本安装包sratoolkit.3.1.1-win64.zip和6个SRA格式序列示例文件及其转换文件,关注“细猪技术”微信公众号,后台回复“srafa”获取。 二、SRA-fastq格式转换 (1) 基于Linux系统 请参考应...
2. 查找并安装适用于Linux的SRA Toolkit软件包 SRA Toolkit提供了用于访问和操作SRA数据库中数据的工具,包括将sra文件转换为fastq格式的功能。安装SRA Toolkit的步骤如下: 下载SRA Toolkit: 可以从NCBI的FTP服务器下载SRA Toolkit。访问 SRA Toolkit下载页面 选择适合您Linux发行版的版本下载。 bash wget http://ftp...
linux 中 prefetch命令批量下载sra测序数据 001、 prefetch的安装 a、现在 NCBI官网:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ b、 c、 d、 e、 解压、找到可执行程序 [root@pc1 software02]# ls sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz## 解压[root@pc1 software02]# tar-xzvf sratoolkit.3.0.7-centos_linux...
Debian系的Linux发行版使用apt安装软件 sudo apt update##与yum update类似 sudo apt upgrade##升级软件 sudo apt install <package>##与yum install类似 2. 通过软件官方网站下载源文件或编译好的包安装 #例子:下载安装sratoolkit wget ht...
首先下载SRA-toolkit的代码包,使用wget lisa@lisa-VirtualBox:~$ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6-1/sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64.tar.gz 得到tar.gz文件后使用tar zvxf命令解压 lisa@lisa-VirtualBox:~$ tar zvxf sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz ...