#Description:NFS Server release 3.2(RTM1)#Release:3.2 #Codename:RTM1 rpm --version # RPM version 4.11.3 注:RPM为Centos系统 下载并解压安装包 wget-c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz tar-zxvf sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar....
SRA Toolkit是将NCBI数据库中sra文件下载并转换为 .fstaq.gz文件的工具。 进入NCBI官网,选择SRA数据库 image.png 找到sra toolkit下载页面 image.png 复制下载链接 image.png 在linux中使用wget命令下载 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz 将文件移...
# 01. Downloading SRA Toolkit · ncbi/sra-tools Wiki 目前sratool的最新版本只能手动下载 不能sudo安装, 进入网页后 Cloud - apt-get install script - for Debian and Ubuntu - requires sudo permissions # curl安装的比较慢,时间有限不考虑这个 Ubuntu Linux 64 bit architecture - non-sudo tar archive ...
1、使用wget下载对应版本的SRA Toolkit Ubuntu Linux 64 bit architecture - non-sudo tar archive wget -P ~/Biosofts/链接 2、使用tar命令解压缩文件 tar zvxf ~/Seqs/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar 发布于 2022-07-25 11:00 写下你的评论... ...
sratoolkit-安装过程中的问题 1882人阅读 | 时间:2021年07月13日 10:39去获取百度分享代码 系统:Centos 安装sratoolkit: 从NCBI下载sratoolki2.10.7。按照网页要求提示即可。 网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc...
我之前安装过sratoolkit.2.5.2,并把它的bin写入了PATH变量中。 那么,由此看来,我执行的vdb-config --interactive可能是sratoolkit.2.5.2下的命令。即:配置的是sratoolkit.2.5.2。而不是我刚刚下载的sratoolkit.2.10.7? 针对此发现的解决之道: 去sratoolkit.2.10.7的目录下,执行./bin/vdb-config --interactiv...
首先下载SRA-toolkit的代码包,使用wget lisa@lisa-VirtualBox:~$ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6-1/sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64.tar.gz 得到tar.gz文件后使用tar zvxf命令解压 lisa@lisa-VirtualBox:~$ tar zvxf sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz ...
linux(ubantu)安装sra-tools wget下载 wgethttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.7/sratoolkit.2.10.7-ubuntu64.tar.gz 解压-先不要设置环境变量,回到安装目录,执行./bin/vdb-config --interactive再使用即可
最后,使用sratoolkit中的fastq-dump和sam-dump命令下载,如果fastq-dump不稳定,推荐大家尝试Biostar Handbook中的wonderdump脚本。 警告:尽量不要用wget或curl去下载sra文件,某些情况下会导致下载的文件不完整 3 安装方法 3.1 进入Aspera Connect的下载页面,选择linux版本,复制下载地址 ...