1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
1. 下载最新版SRA Toolkit 下载地址:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit(亲测github很多时候打不开) 以Centos为例,直接从NCBI下载安装包 (1)wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz" #会自动下载最新版安装包...
[root@PC3 bin]#./fastq-dumpUsage:/home/software/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.11.0[options] <path> [<path>...]/home/software/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.11.0[options] <accession>Use option--helpformore information/home/software/sratoolkit.2.11....
官网地址:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 从NCBI网站进入: 最后选择需要下载的版本,这里我选择Ubuntu的版本。 下载安装命令如下: ##wget的-P参数,设置下载文件保存的路径是~/Biosofts/(路径可以更换为自己要下载的路径) wget -P ~/Biosofts/ https://ftp-trace.ncbi.nlm...
下载:wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 解压:tar -xzvf sratoolkit.*.tar.gz 配置下载路径: 首先进入bin/ ./vdb-config -i 按c切换页面按o输入路径 按s和x保存退出 加入环境路径: echo 'export export PATH=$PATH:/home/liaoyanlin/software...
一、安装 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz tar -vxzf sratoolkit.tar.gzecho"export PATH=$PATH:/home/liuxin/sratoolkit/bin">> ~/.bashrcsource~/.bashrccdsratoolkit ...
为了使用conda安装sratoolkit,你可以按照以下步骤操作: 打开命令行终端: 首先,你需要打开你的命令行终端。这可以是Windows的命令提示符(CMD)、PowerShell,macOS的Terminal,或者是Linux的终端。 添加Bioconda渠道: SRA Toolkit可以通过Bioconda渠道进行安装。在安装之前,确保你已经添加了Bioconda和conda-forge渠道。这可以通过...
view=software https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-win64.zip 安装,解压即可 配置 添加环境变量 Path bin\prefetch.exe 序列号 bin\prefetch.exe 1. 2. bin\prefetch.exe --option-file C:\SRR_Acc_List.txt 1....
7、sraToolkit安装使用 7、sraToolkit安装使⽤ ⼀. window 1.下载地址：2.下载：数据下载地址：其他地址：⼆ linux 1、下载安装 tar zxf asper-commect-3.6.1.110647-linux.tar.gz sh aspera-connect-2.4.7.37118-linux-64.sh 2、##加⼊路径 echo "alias acsp=/home/sxuan/.aspera/connect/bin/...
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