下载并解压安装包 wget-c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz tar-zxvf sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz 加入环境变量或每次运行前运行命令 exportPATH=/work/home/acwnw4bl7y/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64/bin/:$PATH 测试 prefetc...
echo "export PATH=\$PATH:/home/sratoolkit/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin" >> ~/.bashrc source ~/.bashrc fastq-dump -h 安装到fastq-dump -h时报错,按照报错原因运行 vdb-config --interactive即可 image.png sra toolkit使用 SRA检索,以brca为例,可以在NCBI sra数据库检索到大量的测序数据,另外paper...
# 01. Downloading SRA Toolkit · ncbi/sra-tools Wiki 目前sratool的最新版本只能手动下载 不能sudo安装, 进入网页后 Cloud - apt-get install script - for Debian and Ubuntu - requires sudo permissions # curl安装的比较慢,时间有限不考虑这个 Ubuntu Linux 64 bit architecture - non-sudo tar archive ...
1、使用wget下载对应版本的SRA Toolkit Ubuntu Linux 64 bit architecture - non-sudo tar archive wget -P ~/Biosofts/链接 2、使用tar命令解压缩文件 tar zvxf ~/Seqs/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar 发布于 2022-07-25 11:00 写下你的评论... ...
For more information, see https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sra-cloud/ 直接到sratoolkit.2.11.0-centos_linux64 安装目录下执行vdb-config --interactive 命令后弹出下面窗口直接关闭就可以了 (base)[root@localhost sratoolkit.2.11.0-centos_linux64]# vdb-config--interactive ...
我之前安装过sratoolkit.2.5.2,并把它的bin写入了PATH变量中。 那么,由此看来,我执行的vdb-config --interactive可能是sratoolkit.2.5.2下的命令。即:配置的是sratoolkit.2.5.2。而不是我刚刚下载的sratoolkit.2.10.7? 针对此发现的解决之道: 去sratoolkit.2.10.7的目录下,执行./bin/vdb-config --interactiv...
linux下SRA-toolkitde 安装及使用 首先下载SRA-toolkit的代码包,使用wget lisa@lisa-VirtualBox:~$ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6-1/sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64.tar.gz 得到tar.gz文件后使用tar zvxf命令解压 lisa@lisa-VirtualBox:~$ tar zvxf sratoolkit.2.9.2-ubuntu64....