输入conda安装命令,指定本地安装文件: 使用conda install --use-local命令来安装本地的sra toolkit包。假设你的安装包名为sra-tools-x.x.x.tar.bz2,可以运行以下命令: bash conda install --use-local sra-tools-x.x.x.tar.bz2 其中x.x.x是版本号,需要替换为你实际下载的安装包版本。 确认安装完成并...
2.3 将sratoolkit路径添加到环境变量 export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.3.0.0-mac64/bin 2.4 验证 shell 是否能找到二进制文件 which fastq-dump 2.5 测试工具包是否正常运行(若输出以下内容则表明安装成功) fastq-dump --stdout -X 2 SRR390728 SRA Toolkit的使用 官方文档:https://trace.ncbi.nlm.nih.go...
安装和配置环境参考SRAToolkit 安装与使用_sra toolkit-CSDN博客 下载(from NCBI ) 下载界面,右键复制ftp连接 “non-sudo tar archive”指的是在普通用户权限下,使用tar命令创建或处理归档文件。这意味着不需要sudo权限来执行与归档相关的操作,如打包、解包或更新归档文件。
一、安装 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz tar -vxzf sratoolkit.tar.gzecho"export PATH=$PATH:/home/liuxin/sratoolkit/bin">> ~/.bashrcsource~/.bashrccdsratoolkit vdb-config --interactive#出现一...
[root@PC3 bin]#pwd/home/software/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin 24、 路径是上一条命令pwd输出的路径,后面是追加>>, 千万不要写成重定向>. [root@PC3 bin]# echo"export PATH=$PATH:/home/software/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin">>~/.bashrc ...
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view=software https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-win64.zip 安装,解压即可 配置 添加环境变量 Path bin\prefetch.exe 序列号 bin\prefetch.exe 1. 2. bin\prefetch.exe --option-file C:\SRR_Acc_List.txt 1....
7、sraToolkit安装使⽤ ⼀. window 1.下载地址：2.下载：数据下载地址：其他地址：⼆ linux 1、下载安装 tar zxf asper-commect-3.6.1.110647-linux.tar.gz sh aspera-connect-2.4.7.37118-linux-64.sh 2、##加⼊路径 echo "alias acsp=/home/sxuan/.aspera/connect/bin/ascp" >> ~/....
1. 下载最新版SRA Toolkit 下载地址:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit(亲测github很多时候打不开) 以Centos为例,直接从NCBI下载安装包 (1)wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz" #会自动下载最新版安装包...
下载:wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 解压:tar -xzvf sratoolkit.*.tar.gz 配置下载路径: 首先进入bin/ ./vdb-config -i 按c切换页面按o输入路径 按s和x保存退出 加入环境路径: