(1)wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz" #会自动下载最新版安装包 (2)tar xvf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz 2.配置SRA-Toolkit 20221101下载的安装包为sratoolkit.3.0.0-centos_linux64 cd sratoolkit.3.0.0-centos_linux64/...
首先下载SRA-toolkit的代码包,使用wget lisa@lisa-VirtualBox:~$ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6-1/sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64.tar.gz 得到tar.gz文件后使用tar zvxf命令解压 lisa@lisa-VirtualBox:~$ tar zvxf sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz 解压后输入~/sratoolkit.2....
source ~/.bashrcvdb-config--interactive #会出现一个框架,按字母x键退出,然后就可以使用啦 PS:如果环境配置报错,可以直接进入.bashrc将文本添加到末行 nano ~/.bashrc export PATH="$PATH:$HOME/tools/SRAToolkit/sratoolkit.3.1.0-centos_linux64/bin" #光标移动至末行添加该语句 按下Ctrl + O来保存文件。
访问SRA Toolkit工具配置界面，根据需求敲击标红字母即可修改对应功能配置。# 访问SRA Toolkit工具目录bin/...
对于速度更快的下载，Aspera是一个好选择。你可以访问其官方网址ibm.com/products/aspera...获取更多信息。如果服务器端下载受限，可先下载到本地再上传。安装Aspera后，即可利用它高效下载数据。SRA Toolkit是NCBI推荐的下载工具，用于处理SRA数据。首先，安装sratoolkit软件，然后利用它下载你需要的数据。此...
另一种选择是Aspera，它提供了更快的下载速度。访问官方网站ibm.com/products/aspera...，如果服务器下载受限，可先下载到本地再上传。记得先安装Aspera，然后利用其进行数据下载。NCBI官方推荐的SRA Toolkit也是下载数据的常用工具。安装sratoolkit软件后，就可以开始使用它下载所需的数据了。此外，我们的...
(1) 使用Aspera Connect 软件下载 (2) 使用sratoolkit中的prefetch命令下载 (3) 使用SRA Explorer下载 (4) 使用wget直接下载 (5) 使用SRAdbV2 R包下载 (6) 批量创建链接,迅雷下载1. SRA数据库介绍 NCBI - SRA(Sequence ReadArchive)数据库是NCBI用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD,IonTorrent...
数据在PRJNA768891,我优先选择了去ENA数据库下载它,因为sratoolkit的prefetch命令下载sra文件速度太慢,可以参考:使用ebi数据库直接下载fastq测序数据, 需要自行配置好conda环境,然后去EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件。 首先使用conda安装download小环境,并且配置好aspera ...
配置安装 conda配置 conda install -y sra-tools 官网下载 除了使用conda直接配置安装以外,我们还可以通过其官网[2]选定适合自己的操作系统下载。 wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz tar -zxvf sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz # 解压缩 ...
在Windows系统中，通过cmd命令，定位到Aspera Connect安装目录，并执行下载操作。从NCBI下载时，尝试单文件与批量下载，若不成功，则从ENA下载。在ENA下载TSV文件后，提取fastq_ftp信息，制作.bat文件进行批量处理。掌握Aspera的常用下载参数，并探索替代方法，如使用SRA Toolkit，同样需要设置环境变量并检查设置...