2.3 将sratoolkit路径添加到环境变量 export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.3.0.0-mac64/bin 2.4 验证 shell 是否能找到二进制文件 which fastq-dump 2.5 测试工具包是否正常运行(若输出以下内容则表明安装成功) fastq-dump --stdout -X 2 SRR390728 SRA Toolkit的使用 官方文档:https://trace.ncbi.nlm.nih.go...
下载:wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 解压:tar -xzvf sratoolkit.*.tar.gz 配置下载路径: 首先进入bin/ ./vdb-config -i 按c切换页面按o输入路径 按s和x保存退出 加入环境路径: echo 'export export PATH=$PATH:/home/liaoyanlin/software...
下载并解压安装包 wget-c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz tar-zxvf sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz 加入环境变量或每次运行前运行命令 exportPATH=/work/home/acwnw4bl7y/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64/bin/:$PATH 测试 prefetc...
(1)安装路径为/usr/local/opt/sratoolkit/3.1.1,可以根据实际情况修改; (2)本文适用于Debian和Ubuntu,CentOS等请参考https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit; (3)文中只演示了prefetch和fastq-dump如何加入到PATH中,其他命令可以如法炮制。
[root@PC3 bin]#pwd/home/software/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin 24、 路径是上一条命令pwd输出的路径,后面是追加>>, 千万不要写成重定向>. [root@PC3 bin]# echo"export PATH=$PATH:/home/software/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin">>~/.bashrc ...
sratoolkit安装及使用 SRAtoolkit是ncbi的一个较方便的sra处理工具,用于SRA数据管理。其中fastq-dump可用于处理SRA数据类型,从SRA提取PE/SE序列;prefetch可实现批量从ncbi下载数据。除此之外,其实TBtools工具批量下载也非常方便,但需要额外的一步:将数据从电脑传至服务器。因此,还是SRAtoolkit相对而言更方便。
view=software https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-win64.zip 安装,解压即可 配置 添加环境变量 Path bin\prefetch.exe 序列号 bin\prefetch.exe 1. 2. bin\prefetch.exe --option-file C:\SRR_Acc_List.txt 1....
7、sraToolkit安装使⽤ ⼀. window 1.下载地址：2.下载：数据下载地址：其他地址：⼆ linux 1、下载安装 tar zxf asper-commect-3.6.1.110647-linux.tar.gz sh aspera-connect-2.4.7.37118-linux-64.sh 2、##加⼊路径 echo "alias acsp=/home/sxuan/.aspera/connect/bin/ascp" >> ~/....
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~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump -h 4、将sratoolkit安装文件路径加入环境变量：echo 'export PATH=~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin:$PATH' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc 5、再次测试sratoolkit安装情况：fastq-dump prefetch -h 如果要下载数据，如SRR文件...