下载并解压安装包 wget-c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz tar-zxvf sratoolkit.3.1.1-centos_linux64.tar.gz 加入环境变量或每次运行前运行命令 exportPATH=/work/home/acwnw4bl7y/sratoolkit.3.1.1-centos_linux64/bin/:$PATH 测试 prefetc...
echo "export PATH=\$PATH:/home/sratoolkit/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin" >> ~/.bashrc source ~/.bashrc fastq-dump -h 安装到fastq-dump -h时报错,按照报错原因运行 vdb-config --interactive即可 image.png sra toolkit使用 SRA检索,以brca为例,可以在NCBI sra数据库检索到大量的测序数据,另外paper...
# 01. Downloading SRA Toolkit · ncbi/sra-tools Wiki 目前sratool的最新版本只能手动下载 不能sudo安装, 进入网页后 Cloud - apt-get install script - for Debian and Ubuntu - requires sudo permissions # curl安装的比较慢,时间有限不考虑这个 Ubuntu Linux 64 bit architecture - non-sudo tar archive ...
双击“path”点击 ”新建“,然后将sratoolkit文件夹路径复制即配置完成。 4.运行cmd,打开sratool文件夹里面的bin,复制路径并输入bin\prefetch.exe -h查看软件能否正常运行。一般情况下第一次安装都会报错,显示错误原因没有配置,按照提示来输入vdb-config --interactive出现配置界面,但是不需要改动,直接输入S,再按X退出。
linux 中 prefetch命令批量下载sra测序数据 001、 prefetch的安装 a、现在 NCBI官网:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ b、 c、 d、 e、 解压、找到可执行程序 [root@pc1 software02]# ls sratoolkit.3.0.7-centos_linux64.tar.gz## 解压[root@pc1 software02]# tar-xzvf sratoolkit.3.0.7-centos_linux...
在Linux上更新SRA Toolkit,你可以按照以下步骤进行操作: 1. 打开终端 首先,你需要打开你的Linux终端。 2. 检查SRA Toolkit的当前版本(可选) 为了确认是否需要更新,你可以检查当前安装的SRA Toolkit版本。通常,SRA Toolkit中的工具(如fastq-dump)会有一个--version选项来显示版本信息。例如: bash fastq-dump --ver...
由于SRAtoolkits为非安装软件，解压即可用，解压后其bin文件下的程序并不包含在Linux系统的环境（$PATH）。Linux系统在不指定路径的情况下运行程序时会只搜索环境变量$PATH，而在指定了路径的情况下，则搜索指定路径。这就是为何会造成上述问题的原因。环境变量（$PATH）：决定了shell将到哪些目录中寻找...
--with-vdb=DIR use NCBI SRA/VDB Toolkit installationinDIR --without-vdbdonot use the NCBI SRA/VDB Toolkit --with-downloaded-vdb download and build SRA/VDB from GitHub --with-static-vdb alwayslinkstatically against SRA/VDB --with-ngs=DIR use NCBI NGS SDK installationinDIR ...
4.16 SRA toolkit使用 4.17 生信流程开发 4.18 数据同步和备份 4.18.1 原创拷贝scp 4.18.2 镜像备份和增量同步 rsync 4.18.3 增量备份,记录各个版本 rdiff-backup 1. 2. 3. 4. 5. 5 生物信息中Linux命令练习 5.1 统计GTF文件中染色体数目? 5.2 统计GTF文件中基因数目?
翻译成生物信息学语言就是:要深度组合这些命令,并且通过shell脚本,把它们在实际生物信息学数据处理中应用起来,需要很多的实践操作,可以借鉴EMBOSS软件套件,fastx-toolkit等基础软件,实现并且模仿该软件的功能。 尤其是SMS2/exonerate/里面的一些常见功能,还有DNA2.0 Bioinformatics Toolbox的一些工具。