① NCBI下载SraRunInfo.csv文件; ② 点击文件download_path列的下载链接即可,可以选择一条一条下或组合命令批量下。注意,通过此方法下载的数据文件名称通常是*.lite.1或*.sralite.1或*.sralite或*.sra。虽然这些数据也属于SRA文件,但其属于采用了简化的quality scores的SRA Lite格式,而p
首先获得对应数据的ACC号。这个在NCBI中选择好数据后,选择send to - file - Acc list然后下载即可 Acc号获取 对于单个的数据文件可以直接使用 prefetch SRR_acc 即可下载 prefetch SRR_acc 若要批量下载则先把acc号存放到一个内(直接下载的csv文件即可) prefetch -option-file Acc_number_file.csv 下载完成后可以...
使用prefetch下载 ##单行手动下载 prefetch SRR3182423 ##批量自动化下载 cat SRR_Acc_List.txt | while read id do prefetch ${id} -O ./ done 数据格式 SRA数据格式,是NCBI数据库的格式,我们下载之后,需要自己手动转换成fq格式。 SRA的数据是每一个SRR数据,是一个文件夹。
使用prefetch下载,因为ascp下载NCBI的数据时,会报ssh或udp错误。 ##单行手动下载 prefetch SRR3182423 ##批量自动化下载 cat SRR_Acc_List.txt | while read id do prefetch ${id} -O ./ done 数据格式 SRA数据格式,是NCBI数据库的格式,我们下载之后,需要自己手动转换成fq格式。 SRA的数据是每一个SRR数据,...