prefetch是SRA Toolkit中的工具包中提供的一个专门用来下载SRR数据的工具 fasterq-dump从 SRA 下载数据并将其转换为 FASTQ 格式的工具,比fastq-dump速度更快 如何安装 一般我们推荐是从conda来安装管理软件,但是对于这个软件采用conda安装时,需要注意软件名是sra-tools,而不是sratoolkit不要安装错了。sratoolkit 也能...
1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
首先进入bin/ ./vdb-config-i 按c切换页面 按o输入路径 按s和x保存退出 加入环境路径: echo'exportexportPATH=$PATH:/home/liaoyanlin/software/sratoolkit.3.1.0-ubuntu64/bin'>>~/.bashrcsource~/.bashrc 下载实例:prefetchERR009357#下载好的数据保存于上一步设置的路径中双末端reads的拆分:fastq-dump--spl...
安装sra toolkit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software wget --output-document sratoolkit.tar.gz http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz tar -vxzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz export PATH=$PATH:$PWD...
小果本期来分享用SRA Toolkit工具在NCBI的SRA数据库下载拟南芥的转录组数据Run Selector :: NCBI (nih.gov)。 SRA Toolkit是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的一款用于高通量测序数据处理的软件包,主要用于存储和分析NCBI Sequence Read Archive(SRA)中的测序数据。该工具包提供了多个命令行工具,支持从SRA下载...
1. 安装SRA Toolkit conda create--name sratoolkit conda activate sratoolkit conda install-c bioconda sra-tools 2.下载数据ls 激活sratollkit环境,然后就可以用它批量下载数据了,因为数据量太大,而小果只是想作为练习,因此只下载了9个 样本的测序数据,具体方法如下: ...
此参数用于显示正在使用的sratoolkit版本信息。 使用示例: prefetch-v X, --qual 此参数用于获取测序数据的质量分数信息。 使用示例: prefetch-X<accession_number> -ascp-path 此参数用于指定高速下载工具ASCP(Aspera)的路径。 使用示例: prefetch--ascp-path<path_to_ascp> -ascp-options 此参数用于指定使用ASCP...
[root@PC3 sratoolkit.2.11.0-centos_linux64]#cd bin/[root@PC3 bin]# ls abi-dump fasterq-dump-orig.2.11.0pacbio-load srapath-orig.2.11.0test-sra.2.11.0abi-dump.2fastq-dump pacbio-load.2sra-pileup vdb-config abi-dump.2.11.0fastq-dump.2pacbio-load.2.11.0sra-pileup.2vdb-config.2...
SRA toolkit 使用SRAdb V2获取SRA数据 安装SRAdbV2包 install.packages('BiocManager') BiocManager::install('seandavi/SRAdbV2') 使用SRAdbV2 首先需要创建一个 R6类-Omicidx library(SRAdbV2) oidx = Omicidx$new() 创建好Omicidx实例后,就可以使用oidx$search()来进行数据检索...
1、使用wget下载对应版本的SRA Toolkit：wget -P ~/Biosofts/ ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov...2、使用tar命令解压缩文件：tar zvxf ~/Seqs/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz -C ~/Biosofts 3、测试安装是否成功：~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump -h 4、将sra...