prefetch是SRA Toolkit中的工具包中提供的一个专门用来下载SRR数据的工具 fasterq-dump从 SRA 下载数据并将其转换为 FASTQ 格式的工具,比fastq-dump速度更快 如何安装 一般我们推荐是从conda来安装管理软件,但是对于这个软件采用conda安装时,需要注意软件名是sra-tools,而不是sratoolkit不要安装错了。sratoolkit 也能...
④ 准备SRA格式测试文件 在sratoolkit.3.1.1-win64\bin文件夹下创建sratest文件夹,放入6个SRA格式测试文件即可,其是基于Linux系统演示部分数据; ⑤ 进入工作文件夹和测试程序 # 进入bin工作文件夹 cd C:\Users\liulanzhou\Desktop\sratoolkit\sratoolkit.3.1.1-win64\bin # 测试SRA Toolkit程序是否正常工作,下图...
cd sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/ ./bin/prefetch ./bin/fastq-dump 2.使用 比如我下载一个大肠杆菌的二代数据,选择SRA,输入大肠杆菌 点击之后,就是下方的页面,根据SRR号使用上方的软件就能下载R1、R2的数据 ./sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/prefetch SRR26864896 #会生成一个SRR26864896的目录,里...
SRA Toolkit是ncbi下载.sra文件和转换.fastq文件的极好工具 1.1 下载、安装及环境配置 # 下载压缩包 cd ~/software # 进入存放工具的文件夹 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-ubuntu64.tar.gz # 解压 tar xzvf sratoolkit.2.11.0-ubuntu64.tar.gz # 配置环境 ...
直接安装,请参考:SRA ToolKit (sra-tools) 的安装和使用配置prefetch下载路径prefetch的默认目录是配置Toolkits的路径,非常建议更改下载路径。如果是conda下载,需要激活相应conda环境;如果是直接安装,cd到sra-toolkit的安装路径下的bin 命令行输入vdb-config -i --interactive-mode textual,会有以下选项...
SRA toolkit 使用SRAdb V2获取SRA数据 安装SRAdbV2包 install.packages('BiocManager') BiocManager::install('seandavi/SRAdbV2') 使用SRAdbV2 首先需要创建一个 R6类-Omicidx library(SRAdbV2) oidx = Omicidx$new() 创建好Omicidx实例后,就可以使用oidx$search()来进行数据检索...
1. 下载最新版SRA Toolkit 下载地址:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit(亲测github很多时候打不开) 以Centos为例,直接从NCBI下载安装包 (1)wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz" #会自动下载最新版安装包...
小果本期来分享用SRA Toolkit工具在NCBI的SRA数据库下载拟南芥的转录组数据Run Selector :: NCBI (nih.gov)。 SRA Toolkit是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的一款用于高通量测序数据处理的软件包,主要用于存储和分析NCBI Sequence Read Archive(SRA)中的测序数据。该工具包提供了多个命令行工具,支持从SRA下载...
SRA Toolkit Documentation 配置安装 conda配置 代码语言:javascript 复制 conda install-y sra-tools 官网下载 除了使用conda直接配置安装以外,我们还可以通过其官网[2]选定适合自己的操作系统下载。 代码语言:javascript 复制 wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar...
测序成本的降低和测序速度的增加导致提交到Sequence Read Archive (SRA)的数据呈爆炸性增长,于是NCBI推出了SRAtoolkit技术来对数据进行压缩,以减少存储成本,SRA toolkit可以从SRA数据库读(“dumping”)序列文件,也可以将文件写("loading")成.sra格式。由于使用了完全索引的柱状数据库(fully indexed columnar database)...