1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
下载:wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 解压:tar -xzvf sratoolkit.*.tar.gz 配置下载路径: 首先进入bin/ ./vdb-config -i 按c切换页面按o输入路径 按s和x保存退出 加入环境路径:
6、centos和redhed 使用软件一致 因此选择: 7、 [root@PC3 test]#wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz 8、进度 9、 [root@PC3 test]# lssratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz 10、解压 [root@PC3 test]#tar -xzvf sratoolkit.2...
使用SRA Toolkit可以实现高效的数据下载、数据格式转换、数据处理和分析等多个步骤,并且支持多线程和分布式处理,能够加快数据处理速度和提高数据处理效率。下面我们一起来看看这个工具如何使用吧~ 1. 安装SRA Toolkit conda create--name sratoolkit conda activate sratoolkit conda install-c bioconda sra-tools 2.下载...
sratoolkit 的使用 一.主要功能有两个: 1.下载分析所需的测序数据SRR 2.将sra后缀的文件格式转换为fastq文件 二:具体用法如下: 1.下载数据: prefetch SRR3589950 2.文件格式转化: fastq-dump --gzip --split-3 -O /home/lmt/biosoft -A SRR3589950.sra...
我们可以使用SRA Toolkit(2.4以上版本支持)配置工具来改变默认的存储路径,cd命令进入bin文件夹后,输入命令./vdb-config –i出现配置界面,如下图所示: 这里只有两个主要功能:设置下载权限(Enable Remote Access)和存储目录(Enable Local File Caching),用tab键选择项目,space和enter键进入设置,其中下载权限是默认开启的...
SRA Toolkit 是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)提供的一组工具,专门用于处理 Sequence Read Archive(SRA)中存储的高通量测序数据。这个工具包包含了一系列命令行工具,用于检索、转换、处理和分析来自 SRA 的数据。其具有以下特性: 数据下载与转换:允许用户从 SRA 中下载数据并转换成标准的 FASTQ 格式,以便在常用的...
使用sratoolkit下载NCBI数据 使⽤sratoolkit下载NCBI数据 如何使⽤sratoolkit下载NCBI数据？⽐如我想下载这个研究的数据，使⽤prefetch命令，输⼊对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据，如果下载的数据较⼤，可以修改配置，⽐如改为最⼤100G prefetch --max-size 100G SRR10861695 如...
SRA toolkit 使用SRAdb V2获取SRA数据 安装SRAdbV2包 install.packages('BiocManager') BiocManager::install('seandavi/SRAdbV2') 使用SRAdbV2 首先需要创建一个 R6类-Omicidx library(SRAdbV2) oidx = Omicidx$new() 创建好Omicidx实例后,就可以使用oidx$search()来进行数据检索...