第一步: 下载sratoolkit wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 第二步 解压 tar -vxzf sratoolkit.tar.gz 第三步 更改.bashrc文件 export PATH=$PWD/sratoolkit.3.0.0-mac64/bin:$PATH 第四步 安装parallel...
cd sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/ ./bin/prefetch ./bin/fastq-dump 2.使用 比如我下载一个大肠杆菌的二代数据,选择SRA,输入大肠杆菌 点击之后,就是下方的页面,根据SRR号使用上方的软件就能下载R1、R2的数据 ./sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/prefetch SRR26864896 #会生成一个SRR26864896的目录,里...
其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的,SRA数据库可以用于搜索和展示SRA项目数据,包括SRA主页和 Entrezsystem,由 NCBI负责维护。 1.下载安装sratoolkit(建议在pack文件夹中) wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64....
1、下载SRA Toolkit并解压 进入NCBI的主页,在中间位置找到Download,点击进去后点击右下角的“Download Tools”,中间位置就是我们所需要的SRA Toolkit,点击Download或者用下面链接直达目的地: https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 可以看到有好多个版本,Windows系统选择MS Windows 64...
3 prefetch下载SRA数据 SRR数据 # zhengzhou # /public/home/zzumgg03/huty/softwares/sratoolkit.2.10.9-ubuntu64/bin/./prefetch softwares/sratoolkit.2.10.9-ubuntu64/bin/./prefetch SRR1778450 prefetch下载数据似乎有自动查重的功能,已下载,或者别的程序正在下载的数据不会再次被下载,log文件似乎如此吧。
prefetch的默认目录是配置Toolkits的路径,非常建议更改下载路径。如果是conda下载,需要激活相应conda环境;如果是直接安装,cd到sra-toolkit的安装路径下的bin 命令行输入vdb-config -i --interactive-mode textual,会有以下选项$ vdb-config -i --interactive-mode textual vdb-config interactive data source NCBI SRA:...
小果本期来分享用SRA Toolkit工具在NCBI的SRA数据库下载拟南芥的转录组数据Run Selector :: NCBI (nih.gov)。 SRA Toolkit是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的一款用于高通量测序数据处理的软件包,主要用于存储和分析NCBI Sequence Read Archive(SRA)中的测序数据。该工具包提供了多个命令行工具,支持从SRA下载...
NCBI的序列读取档案(SRA,Sequence Read Archive)是一个公共存储库,包含了大量的高通量序列数据。你可以通过多种方法下载SRA数据。以下是一些常见的方法: 1. 使用SRA Toolkit SRA Toolkit 是一组命令行工具,用于从NCBI下载和处理SRA数据。 安装SRA Toolkit
小果本期来分享用SRA Toolkit工具在NCBI的SRA数据库下载拟南芥的转录组数据Run Selector :: NCBI (nih.gov)。 SRA Toolkit是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的一款用于高通量测序数据处理的软件包,主要用于存储和分析NCBI Sequence Read Archive(SRA)中的测序数据。该工具包提供了多个命令行工具,支持从SRA下载...