第一步: 下载sratoolkit wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 第二步 解压 tar -vxzf sratoolkit.tar.gz 第三步 更改.bashrc文件 expor
比如我下载一个大肠杆菌的二代数据,选择SRA,输入大肠杆菌 点击之后,就是下方的页面,根据SRR号使用上方的软件就能下载R1、R2的数据 ./sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/prefetch SRR26864896 #会生成一个SRR26864896的目录,里边是SRR26864896.sra,大小173M ./SRAToolkit/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/...
其中的数据则是通过压缩后以.sra文件格式来保存的,SRA数据库可以用于搜索和展示SRA项目数据,包括SRA主页和 Entrezsystem,由 NCBI负责维护。 1.下载安装sratoolkit(建议在pack文件夹中) wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64....
1. 安装SRA Toolkit conda create--name sratoolkit conda activate sratoolkit conda install-c bioconda sra-tools 2.下载数据ls 激活sratollkit环境,然后就可以用它批量下载数据了,因为数据量太大,而小果只是想作为练习,因此只下载了9个 样本的测序数据,具体方法如下: (1)查找需要下载的SRA数据的访问号(Accessi...
使用SRA toolkit下载数据时需要注意什么? 1.sra toolkit 的安装 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz tar -zxvf sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz #添加环境变量 echo 'export export PATH=...
prefetch的默认目录是配置Toolkits的路径,非常建议更改下载路径。如果是conda下载,需要激活相应conda环境;如果是直接安装,cd到sra-toolkit的安装路径下的bin 命令行输入vdb-config -i --interactive-mode textual,会有以下选项$ vdb-config -i --interactive-mode textual vdb-config interactive data source NCBI SRA:...
简介：SRA Toolkit是一个关键工具，其中的prefetch可以直接下载NCBI的SRA数据并转换为fastq格式。安装：可通过conda进行安装，或访问SRA Toolkit官网选择适合自己操作系统的版本。使用方法：输入SRA号即可下载数据，例如使用prefetch下载SRR15927225的数据。使用wget工具：简介：wget是一种常用的下载工具，可以通过...
1、下载SRA Toolkit并解压 进入NCBI的主页,在中间位置找到Download,点击进去后点击右下角的“Download Tools”,中间位置就是我们所需要的SRA Toolkit,点击Download或者用下面链接直达目的地: https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 可以看到有好多个版本,Windows系统选择MS Windows 64...
要下载NCBI上的SRA数据，可以按照以下步骤进行：1. 安装SRA toolkit Linux、MacOS X和Windows系统均支持SRA toolkit的安装。 安装完成后，在Linux环境下，可以通过检查/home/user/path/sratoolkit.x.x.xubuntu64/bin/prefetch是否存在来验证安装是否成功。2. 使用prefetch工具下载数据 命令格式：prefetch [...