比如我下载一个大肠杆菌的二代数据,选择SRA,输入大肠杆菌 点击之后,就是下方的页面,根据SRR号使用上方的软件就能下载R1、R2的数据 ./sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/prefetch SRR26864896 #会生成一个SRR26864896的目录,里边是SRR26864896.sra,大小173M ./SRAToolkit/sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/...
第一步: 下载sratoolkit wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 第二步 解压 tar -vxzf sratoolkit.tar.gz 第三步 更改.bashrc文件 export PATH=$PWD/sratoolkit.3.0.0-mac64/bin:$PATH 第四步 安装parallel...
https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit 2 下载、解压、配置: wget-c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.9/sratoolkit.2.10.9-ubuntu64.tar.gz tar-zxvf sratoolkit.2.10.9-ubuntu64.tar.gz cd sratoolkit.2.10.9-ubuntu64/bin fastq-dump--help error ...
image.png 3、数据下载 进入你要下载的数据的SRR界面。 如下图所示:先选1,再下载2。 image.png 然后你就会得到一个SRR_Acc_List.txt文件。 然后把这个文件放到你知道的位置。 D:\1系统软件安装包\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\prefetch.exe --option-file SRR_Acc_List.txt 等待数据下载完成。 image.png...
找到数据的SRA链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA589292,选择进入Run Selector 下载accession list,传送到server。 下载https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.2/sratoolkit.3.0.2-ubuntu64.tar.gz,【如下所述】 1 prefetch --option-fileSRR_Acc_List.txt ...
SRA(Sequence ReadArchive)数据库用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD等。 SRA Toolkit可以直接下载NCBI中的SRA数据文件和参考序列并转换为fastq格式。 安装 conda install -c bioconda sra-tools或mamba install -c bioconda sra-tools 也可以直接在官网(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01...
本期和大家分享糯米饭在使用SRA Toolkit下载NCBI-SRA原始数据的一些Tips,时间宝贵,直接上干货。 1.明确Project:SRP119720,打开浏览器,输入: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=SRP119720&o=acc_s%3Aa 2.下载:Accession List「获得SRR_Acc_List.txt」;其打开后格式如下「糯米饭使用的是TextMa...
下载sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz, 可以wget, 但推荐本地下载后传入. 传入目标文件夹, 如/dev/sda1/home/tenney/app/sratoolkit/, 并在终端中进入该地址, 如cd /dev/sda1/home/tenney/app/sratoolkit/, 对文件解压, tar -vxzf sratoolkit.tar.gz, 注意tar -vxzf后的内容可能产生变化, 以...
1、下载SRA Toolkit并解压 进入NCBI的主页,在中间位置找到Download,点击进去后点击右下角的“Download Tools”,中间位置就是我们所需要的SRA Toolkit,点击Download或者用下面链接直达目的地: https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit ...
一,下载该软件 wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz tar xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz 解压直接使用即可,里面有一大堆的软件,针对不同的测序仪,不同的数据 我一般只用/home/jmzeng/down_software/sratoolkit.2.3.5-2-ubuntu64/bin...