1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
conda install -y sra-tools 2.网页安装sra-tools工具 复制这个Ubuntu linux 64 bit architecture的下载链接 下载软件 # 一般会创建一个软件管理文件夹 # 然后cd过去 cd ./biosoft/ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64.tar.gz 解压缩软件 tar -zxvfsratool...
conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本的sratoolkit。等待安装完成即可。另外,如果你在Linux系统下,也可以尝试使用传统的安装方法。首先,将sratoolkit的链...
[root@PC3 bin]#fastq-dumpUsage:/home/software/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.11.0[options] <path> [<path>...]/home/software/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.11.0[options] <accession>Use option--helpformore information/home/software/sratoolkit.2.11.0-...
直接安装,请参考:SRA ToolKit (sra-tools) 的安装和使用配置prefetch下载路径prefetch的默认目录是配置Toolkits的路径,非常建议更改下载路径。如果是conda下载,需要激活相应conda环境;如果是直接安装,cd到sra-toolkit的安装路径下的bin 命令行输入vdb-config -i --interactive-mode textual,会有以下选项...
安装过程 1、从https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/toolkitsoft/中的NCBI SRA Toolkit latest release compiled binaries and md5 checksums下载安装包。 2、将安装包sudo mv sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz -t /opt 然后 cd /opt tar xzvf sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz ...
从NCBI上下载SRA原始数据,使用SRA TOOLKIT 进行下载和转化。 1. 下载SRA Toolkit (注意找准自己的版本)https://trace.ncbi.n...
1. 安装SRA Toolkit conda create--name sratoolkit conda activate sratoolkit conda install-c bioconda sra-tools 2.下载数据ls 激活sratollkit环境,然后就可以用它批量下载数据了,因为数据量太大,而小果只是想作为练习,因此只下载了9个 样本的测序数据,具体方法如下: ...
下载SRA、GEO中的测序数据,可以使用prefetch,prefetch安装并不复杂,用过的老师会发现,prefetch不能指定下载目录,默认在自己的主目录,所在的系统盘空间较小,测序数据很大,如何切换下载目录呢,本文演示windows的修改方法。 1 下载安装 打开网址:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software,根据...