在Linux系统上安装SRA Toolkit,可以遵循以下步骤。这些步骤涵盖了从下载软件包到验证安装的整个过程。 1. 检查系统环境和版本兼容性 在安装之前,请确保你的Linux系统环境满足SRA Toolkit的最低要求。SRA Toolkit支持多种Linux发行版,如Ubuntu、CentOS等。你可以访问NCBI的官方网站查看最新的系统要求和兼容性信息。 2. ...
三. sra数据转换为fastq格式,代码如下 F:\sratoolkit.2.11.0-win64\bin\fastq-dump.exe --split-e F:\ERR220347\ERR220347.sra 准换过程中出现了报错,应该是我的磁盘不够用了,于是可以转换成为fastq的压缩包形式,速度大概是半个小时叭. 转换成功!后面就要上传到Linux里面啦。 为了后续reads去接头方便操作,我...
1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
prefetch是SRA Toolkit中的工具包中提供的一个专门用来下载SRR数据的工具 fasterq-dump从 SRA 下载数据并将其转换为 FASTQ 格式的工具,比fastq-dump速度更快 如何安装 一般我们推荐是从conda来安装管理软件,但是对于这个软件采用conda安装时,需要注意软件名是sra-tools,而不是sratoolkit不要安装错了。sratoolkit 也能...
Kernel: Linux3.10.0-123.el7.x86_64 Architecture: x86_64 6、centos和redhed 使用软件一致 因此选择: 7、 [root@PC3 test]#wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz 8、进度 9、 ...
安装sra toolkit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software AI检测代码解析 wget --output-document sratoolkit.tar.gz http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz 1. ...
要下载NCBI上的SRA数据，可以按照以下步骤进行：1. 安装SRA toolkit Linux、MacOS X和Windows系统均支持SRA toolkit的安装。 安装完成后，在Linux环境下，可以通过检查/home/user/path/sratoolkit.x.x.xubuntu64/bin/prefetch是否存在来验证安装是否成功。2. 使用prefetch工具下载数据 命令格式：prefetch [...
Linux: /home/[user_name]/ncbi/public Mac OS X: /Users/[user_name]/ncbi/public Windows: C:\Users\[user_name]\ncbi\public 我们可以使用SRA Toolkit(2.4以上版本支持)配置工具来改变默认的存储路径,cd命令进入bin文件夹后,输入命令./vdb-config –i出现配置界面,如下图所示: ...
-istring 输入私钥,安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下有几个私钥,使用 linux 服务器的时候一般使用 asperaweb_id_dsa.openssh 文件作为私钥。 --hoststring ftp的host名,NCBI的为ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov;EBI的为fasp.sra.ebi.ac.uk。
单细胞测序技术中，Aspera Connect和SRA Toolkit是常用的下载工具，以下是它们的下载和安装方法。Aspera Connect安装 首先，使用wget下载Aspera Connect软件包：wget download.asperasoft.com...然后解压缩下载的文件：tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz 接下来，运行安装脚本：bash ...