1.下载sratoolkit(ubuntu22.04系统) #下载sratoolkit,解压 wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.0/sratoolkit.3.0.0-ubuntu64.tar.gz mkdir ~/Bio_software #建立一个专门存放软件的路径 mv ./sratoolkit.3.0.0-ubuntu64.tar.gz ~/Bio_software #移动sratoolkit到该路径 cd ~/Bio_soft...
#SRA Toolkit下载及其安装 1、使用wget下载对应版本的SRA Toolkit # Ubuntu Linux 64 bit architecture - non-sudo tar archive wget -P ~/Biosofts/ ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov 2、使用tar命令解压缩文件 tar zvxf ~/Seqs/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz -C ~/Biosofts 3、测试安装是否成功 ~/Bioso...
[root@PC3 bin]#fastq-dumpUsage:/home/software/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.11.0[options] <path> [<path>...]/home/software/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64/bin/fastq-dump.2.11.0[options] <accession>Use option--helpformore information/home/software/sratoolkit.2.11.0-...
[root@PC3 test]#wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.11.0/sratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz 1. 8、进度 9、 [root@PC3 test]# lssratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz 1. 2. 10、解压 [root@PC3 test]#tar -xzvf sratoolkit.2.11.0-centos_linux64.tar.gz 1....
SRA Toolkit:SRA Toolkit是一套用于下载、处理和验证存储在NCBI中的下一代测序数据的工具。它包括多个命令行工具,如prefetch和fastq-dump,这些工具可以用于自动化下载和转换SRA数据。 Aspera Connect:Aspera Connect是一个高速数据传输客户端,它与SRA Toolkit集成,可以用于快速下载SRA数据。
下载sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz, 可以wget, 但推荐本地下载后传入. 传入目标文件夹, 如/dev/sda1/home/tenney/app/sratoolkit/, 并在终端中进入该地址, 如cd /dev/sda1/home/tenney/app/sratoolkit/, 对文件解压, tar -vxzf sratoolkit.tar.gz, 注意tar -vxzf后的内容可能产生变化, 以...
echo"export PATH=$PATH:/home/路径/pack/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64/bin">> ~/.bashrcsource~/.bashrc vdb-config --interactive 此时出现一个窗口,按x退出配置完成 2.下载方法 下载单条序列 prefetch SRR23427143 批量下载序列,从ncbi批量选择序列,导出SRR_ACC_List.txt ...
1、使用wget下载对应版本的SRA Toolkit：wget -P ~/Biosofts/ ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov...2、使用tar命令解压缩文件：tar zvxf ~/Seqs/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64.tar.gz -C ~/Biosofts 3、测试安装是否成功：~/Biosofts/sratoolkit.2.9.2-ubuntu64/bin/fastq-dump -h 4、将sra...
使用sratoolkit下载NCBI数据 使⽤sratoolkit下载NCBI数据 如何使⽤sratoolkit下载NCBI数据？⽐如我想下载这个研究的数据，使⽤prefetch命令，输⼊对应的SRA号码 prefetch SRR10861695 默认下载限制是20G的数据，如果下载的数据较⼤，可以修改配置，⽐如改为最⼤100G prefetch --max-size 100G SRR10861695 如...
小果本期来分享用SRA Toolkit工具在NCBI的SRA数据库下载拟南芥的转录组数据Run Selector :: NCBI (nih.gov)。 SRA Toolkit是由美国国家生物技术信息中心(NCBI)开发的一款用于高通量测序数据处理的软件包,主要用于存储和分析NCBI Sequence Read Archive(SRA)中的测序数据。该工具包提供了多个命令行工具,支持从SRA下载...