export PATH=$PATH:/path/to/sratoolkit/bin 将/path/to/sratoolkit替换为实际的解压路径。现在你应该能够在终端或命令提示符窗口中运行sratoolkit命令了。总结:使用conda下载sratoolkit(sra-tools)是一个简单而高效的方法。通过搜索和选择合适的版本,你可以轻松地安装和管理sratoolkit。如果你在Linux系统下,也可以尝试...
输入conda安装命令,指定本地安装文件: 使用conda install --use-local命令来安装本地的sra toolkit包。假设你的安装包名为sra-tools-x.x.x.tar.bz2,可以运行以下命令: bash conda install --use-local sra-tools-x.x.x.tar.bz2 其中x.x.x是版本号,需要替换为你实际下载的安装包版本。 确认安装完成并...
prefetch是SRA Toolkit中的工具包中提供的一个专门用来下载SRR数据的工具 fasterq-dump从 SRA 下载数据并将其转换为 FASTQ 格式的工具,比fastq-dump速度更快 如何安装 一般我们推荐是从conda来安装管理软件,但是对于这个软件采用conda安装时,需要注意软件名是sra-tools,而不是sratoolkit不要安装错了。sratoolkit 也能...
SRA Toolkit不仅适用于NCBI SRA数据库,也可用于处理其他来源的高通量测序数据。使用SRA Toolkit可以实现高效的数据下载、数据格式转换、数据处理和分析等多个步骤,并且支持多线程和分布式处理,能够加快数据处理速度和提高数据处理效率。下面我们一起来看看这个工具如何使用吧~ 1. 安装SRA Toolkit conda create--name srat...
直接安装,请参考:SRA ToolKit (sra-tools) 的安装和使用配置prefetch下载路径prefetch的默认目录是配置Toolkits的路径,非常建议更改下载路径。如果是conda下载,需要激活相应conda环境;如果是直接安装,cd到sra-toolkit的安装路径下的bin 命令行输入vdb-config -i --interactive-mode textual,会有以下选项...
SRA(Sequence ReadArchive)数据库用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD等。 SRA Toolkit可以直接下载NCBI中的SRA数据文件和参考序列并转换为fastq格式。 安装 conda install -c bioconda sra-tools或mamba install -c bioconda sra-tools 也可以直接在官网(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01...
一、官方下载工具Sratoolkit安装 推荐使用conda直接安装,避免配置环境的麻烦,但sratoolkit在conda镜像中的包名为sra-tools 1 conda install -y -c bioconda sra-tools 二、SRA文件下载地址获取 1.NCBI GEO数据库下载地址 1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 2.输入GEO Accession(如GSE52778),点击搜索,...
1. 安装SRA Toolkit conda create--name sratoolkit conda activate sratoolkit conda install-c bioconda sra-tools 2.下载数据ls 激活sratollkit环境,然后就可以用它批量下载数据了,因为数据量太大,而小果只是想作为练习,因此只下载了9个 样本的测序数据,具体方法如下: ...
SRA-Toolkit最好去下载二进制的版本,不然SRR的解析有问题,下载后需要配置,然后下载的时候需要设定下载文件的上限。 1 2 3 4 # conda install sratoolkit # go to https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit prefetch -h
conda install -y sra-tools 2.网页安装sra-tools工具 复制这个Ubuntu linux 64 bit architecture的下载链接 下载软件 # 一般会创建一个软件管理文件夹 # 然后cd过去 cd ./biosoft/ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.1.1/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64.tar.gz ...