export PATH=$PATH:/path/to/sratoolkit/bin 将/path/to/sratoolkit替换为实际的解压路径。现在你应该能够在终端或命令提示符窗口中运行sratoolkit命令了。总结:使用conda下载sratoolkit(sra-tools)是一个简单而高效的方法。通过搜索和选择合适的版本,你可以轻松地安装和管理sratoolkit。如果你在Linux系统下,也可以尝试...
1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
直接安装,请参考:SRA ToolKit (sra-tools) 的安装和使用配置prefetch下载路径prefetch的默认目录是配置Toolkits的路径,非常建议更改下载路径。如果是conda下载,需要激活相应conda环境;如果是直接安装,cd到sra-toolkit的安装路径下的bin 命令行输入vdb-config -i --interactive-mode textual,会有以下选项...
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --set show_channel_urls yes # 添加南方科技大学的镜像源 conda config --add channels https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ conda config --add channels https://mirrors.sustech.ed...
conda install-y sra-tools 官网下载 除了使用conda直接配置安装以外,我们还可以通过其官网[2]选定适合自己的操作系统下载。 代码语言:javascript 复制 wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz tar-zxvf sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz # 解压缩 ...
一、官方下载工具Sratoolkit安装 推荐使用conda直接安装,避免配置环境的麻烦,但sratoolkit在conda镜像中的包名为sra-tools 1 conda install -y -c bioconda sra-tools 二、SRA文件下载地址获取 1.NCBI GEO数据库下载地址 1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 2.输入GEO Accession(如GSE52778),点击搜索,...
SRA(Sequence ReadArchive)数据库用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD等。 SRA Toolkit可以直接下载NCBI中的SRA数据文件和参考序列并转换为fastq格式。 安装 conda install -c bioconda sra-tools或mamba install -c bioconda sra-tools 也可以直接在官网(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01...
1. 安装SRA Toolkit conda create--name sratoolkit conda activate sratoolkit conda install-c bioconda sra-tools 2.下载数据ls 激活sratollkit环境,然后就可以用它批量下载数据了,因为数据量太大,而小果只是想作为练习,因此只下载了9个 样本的测序数据,具体方法如下: ...
https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.7/sratoolkit.2.10.7-ubuntu64.tar.gz 注意最好不要用conda安装sratools,或者注意conda安装的是不是2.10以上的版本。 因为一般conda用国内镜像安装sratools安装的会是2.8版本,这会带来一些问题,那就是NCBI早就改版了,用的是https而不是http,所以使用conda安装...
conda install-y sra-tools ## conda install-c daler sratoolkit 最新版 版本较低 当然它也有二进制版本,安装也很简单 代码语言:javascript 复制 ## 下载二进制安装 wget-c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz ...