1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本的sratoolkit。等待安装完成即可。另外,如果你在Linux系统下,也可以尝试使用传统的安装方法。首先,将sratoolkit的链...
conda install -c bioconda sra-tools注意: 使用时记得先激活conda环境。直接安装,请参考:SRA ToolKit (sra-tools) 的安装和使用配置prefetch下载路径prefetch的默认目录是配置Toolkits的路径,非常建议更改下载路径。如果是conda下载,需要激活相应conda环境;如果是直接安装,cd到sra-toolkit的安装路径下的bin 命令行输入vdb...
第二步 解压 tar -vxzf sratoolkit.tar.gz 第三步 更改.bashrc文件 export PATH=$PWD/sratoolkit.3.0.0-mac64/bin:$PATH 第四步 安装parallel-fastq-dump conda install parallel-fastq-dump -y 第五步 利用prefetch根据SRR号下载 prefetch SRR27755471 第六步 使用parallel-fastq-dump生成双端测序文件 parall...
conda install-y sra-tools 官网下载 除了使用conda直接配置安装以外,我们还可以通过其官网[2]选定适合自己的操作系统下载。 代码语言:javascript 复制 wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz tar-zxvf sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz # 解压缩 ...
SRA(Sequence ReadArchive)数据库用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD等。 SRA Toolkit可以直接下载NCBI中的SRA数据文件和参考序列并转换为fastq格式。 安装 conda install -c bioconda sra-tools或mamba install -c bioconda sra-tools 也可以直接在官网(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01...
一、官方下载工具Sratoolkit安装 推荐使用conda直接安装,避免配置环境的麻烦,但sratoolkit在conda镜像中的包名为sra-tools 1 conda install -y -c bioconda sra-tools 二、SRA文件下载地址获取 1.NCBI GEO数据库下载地址 1 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/ 2.输入GEO Accession(如GSE52778),点击搜索,...
1. 下载最新版SRA Toolkit 下载地址:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit(亲测github很多时候打不开) 以Centos为例,直接从NCBI下载安装包 (1)wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz" #会自动下载最新版安装包...
conda install -y sra-tools 官网下载 除了使用conda直接配置安装以外,我们还可以通过其官网[2]选定适合自己的操作系统下载。 wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gztar-zxvf sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz# 解压缩echo 'export PATH=$PATH:$HOME/...
conda install -y sra-tools 这里需要安装Conda (一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件,重要的是可以解决软件的依赖问题) : Conda 安装使用图文详解 2.2 传统安装 下载 下载地址1:https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=so...