conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本的sratoolkit。等待安装完成即可。另外,如果你在Linux系统下,也可以尝试使用传统的安装方法。首先,将sratoolkit的链...
SRA(Sequence ReadArchive)数据库用于存储二代测序的原始数据,包括 454,Illumina,SOLiD等。 SRA Toolkit 可以直接下载NCBI中的SRA数据文件和参考序列并转换为fastq格式。 安装 conda install -c bioconda sra-tools 或mamba install -c bioconda sra-tools 也可以直接在官网(https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki...
conda install sra-tools 如果你需要安装特定版本的sratoolkit,可以在命令中指定版本号,例如安装3.0.0版本: bash conda install sra-tools=3.0.0 执行安装命令: 按下回车键执行上述命令。conda将自动解析依赖关系并下载并安装sratoolkit及其所有依赖项。 验证sratoolkit是否成功安装: 安装完成后,你可以通过输入以下命...
conda install-y sra-tools ## conda install-c daler sratoolkit 最新版 版本较低 当然它也有二进制版本,安装也很简单 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ## 下载二进制安装 wget-c https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz ...
1. 安装SRA Toolkit conda create--name sratoolkit conda activate sratoolkit conda install-c bioconda sra-tools 2.下载数据ls 激活sratollkit环境,然后就可以用它批量下载数据了,因为数据量太大,而小果只是想作为练习,因此只下载了9个 样本的测序数据,具体方法如下: ...
conda install -c bioconda sra-tools注意: 使用时记得先激活conda环境。直接安装,请参考:SRA ToolKit (sra-tools) 的安装和使用配置prefetch下载路径prefetch的默认目录是配置Toolkits的路径,非常建议更改下载路径。如果是conda下载,需要激活相应conda环境;如果是直接安装,cd到sra-toolkit的安装路径下的bin 命令行输入vdb...
SRA-Toolkit最好去下载二进制的版本,不然SRR的解析有问题,下载后需要配置,然后下载的时候需要设定下载文件的上限。 1 2 3 4 # conda install sratoolkit # go to https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit prefetch -h
conda install -y sra-tools 官网下载 除了使用conda直接配置安装以外,我们还可以通过其官网[2]选定适合自己的操作系统下载。 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz tar -zxvf sratoolkit.current-ub...
1、conda 安装(推荐使用) conda install sra-tools -y 2、传统安装 2.1 在Linux系统(以CentOS为例)下将上述的链接下载到本地 wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz 2.2 解压安装包 tar -vxzf sratoolkit.tar...
研究者们可以将自己的生物信息数据上传到NCBI进行备份储存和分析处理,也可以下载使用他人公开发布在NCBI上的生信数据。本文重点讲解如何应用sra-tools/SRA Toolkit下载NCBI序列数据。 (1) 安装sra-tools # 创建sratools环境 conda create -n sratools # 激活sratools环境...