export PATH=$PATH:/path/to/sratoolkit/bin 将/path/to/sratoolkit替换为实际的解压路径。现在你应该能够在终端或命令提示符窗口中运行sratoolkit命令了。总结:使用conda下载sratoolkit(sra-tools)是一个简单而高效的方法。通过搜索和选择合适的版本,你可以轻松地安装和管理sratoolkit。如果你在Linux系统下,也可以尝试...
export PATH=/data/xuyongxin/biosoft/sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64/bin:$PATH source ~/.bashrc #激活环境变量 使用下面命令批量下载数据: nohup prefetch--option-file srr.list& 3. 将原始数据转换格式 做样本的配置文件,从sra.table提取抗体信息和SRR号信息,包括这两列; sra.table文件,即下图中的run...
conda install -y sra-tools ##可以指定安装版本 ##conda install -y sra-tools=2.10.7 ##安装完成返回3个done,如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令 # aspera conda install -y aspera-cli -c hcc ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda install -y trim-galore hisat2 sub...
cd sratoolkit.3.0.7-ubuntu64/bin ls 然后使用最新版的 ~/biosoft/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64/bin/prefetch SRR8705087 --max-size 50G 就可以看到如下所示软件正确运行的提示: 2023-10-30T13:54:07 prefetch.3.0.7 int: buffer insufficient while reading uri within cloud module -cannotGet Cloud Location...
https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.7/sratoolkit.2.10.7-ubuntu64.tar.gz 注意最好不要用conda安装sratools,或者注意conda安装的是不是2.10以上的版本。 因为一般conda用国内镜像安装sratools安装的会是2.8版本,这会带来一些问题,那就是NCBI早就改版了,用的是https而不是http,所以使用conda安装...
~/biosoft/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64/bin/prefetch SRR8705087 --max-size 50G 就可以看到如下所示软件正确运行的提示: 2023-10-30T13:54:07 prefetch.3.0.7 int: buffer insufficient while reading uri within cloud module - cannot Get Cloud Location ...
另外软件的原名可能和conda 中的名字不一样。如sratoolkit与sra-tools。 代码语言:javascript 复制 ## 小知识点 # 下载安装软件之前先搜索是否存在http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html 网页搜索:conda ascp 安装 关于conda 的安装相关选项可可以参考:https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest...
我们安装的是sra-tools,调用的是prefetch; 我们安装的是blast,调用的是blastp 三个特殊情况 trim_galore -> trim-galore vep -> ensembl-vep sratoolkit -> sra-tools 查看conda环境中已安装的软件 基本用法:conda list 查看当前环境所安装的软件 扩展用法:1.查看符合正则表达式的软件conda list fast* ...
##我们认知的软件名(通过文献或是公众号)和conda给的名字不一样,先搜索,如下的软件 trim_galore -> trim-galore vep -> ensembl-vep sratoolkit -> sra-tools bioconda是一个频道,里面是有与生信相关的软件。看看bioconductor与生信相关的R包。 查看已安装的软件: • conda list • conda list fast* (比...
# -n 指定安装环境 -c 指定下载通道 # conda install -n phylo -c etetoolkit ete3 ete3_external_apps # bioconda通道里面也有ete3, 下面的安装未指定具体通道, # 将在前面设定的几个通道里面按先后顺序查找安装 conda install -n phylo ete3 ete3_external_apps ...