export PATH=$PATH:/path/to/sratoolkit/bin 将/path/to/sratoolkit替换为实际的解压路径。现在你应该能够在终端或命令提示符窗口中运行sratoolkit命令了。总结:使用conda下载sratoolkit(sra-tools)是一个简单而高效的方法。通过搜索和选择合适的版本,你可以轻松地安装和管理sratoolkit。如果你在Linux系统下,也可以尝试...
anconda 建立了很多环境,还有和minconda混到一起,并且清华源更新了很多次,最近使用anconda来安装包时一直提示报错, conda install bioconda::sra-toolsCollecting package metadata (current_repodata.json): failed CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anacond...
# 可以指定软件版本 conda install -y sra-tools ##可以指定安装版本 ##conda install -y sra-tools=2.10.7 ##安装完成返回3个done,如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令 # aspera conda install -y aspera-cli -c hcc ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda install -y trim...
注意最好不要用conda安装sratools,或者注意conda安装的是不是2.10以上的版本。 因为一般conda用国内镜像安装sratools安装的会是2.8版本,这会带来一些问题,那就是NCBI早就改版了,用的是https而不是http,所以使用conda安装到的2.8版本转了半天圈都不会下载任何东西给你,你需要安装比较新的2.10版本以上的 一年以前遇到过...
另外软件的原名可能和conda 中的名字不一样。如sratoolkit与sra-tools。 代码语言:javascript 复制 ## 小知识点 # 下载安装软件之前先搜索是否存在http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html 网页搜索:conda ascp 安装 关于conda 的安装相关选项可可以参考:https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest...
conda install -y sra-tools # 调取该软件的命令的帮助文档,下面两句是重点 prefetch --help fastq-dump --help which prefetch # 运行结果示例如下 # /home/qmcui/miniconda2/envs/rna/bin/prefetch # 可以看到这个命令确实你刚装的,而且存在于rna的小环境内bin的目录下 ...
参数解释:-y要不要均可,是问你同不同意安装,不要的时候,需要手动输入一个y,自己尝试后就理解了这句话含义;sra-tools trim-galore安装两款软件,默认安装最新版; 注意 trim-galore 一个字都不能错,一个字都不能错,重要的事情说三遍! 指定软件安装版本 ...
conda install-c bioconda sra-tools conda install-c"bioconda/label/cf201901"sra-tools 上面的两个方式都是可以使用conda安装,但是默认安装的说 sra-tools-2.8.0 : 代码语言:javascript 复制 The following packages will be downloaded:package|build---|---ca-certificates-2023.08.22|h06a4308_0123KBhttps:...
conda install -y star hisat2 tophat bowtie2 bwa subread htseq bedtools deeptools salmon sra-tools conda指定版本: 删除环境: conda remove -n rnaseq -all 出现如下错误(可能由于网络原因部分软件没有下载,其实可以到~/miniconda/pkgs删除这一软件如:tophat;但是不知道是什么软件,故而只能来个粗暴的) ...
安装方法:conda install -y sra-tools trim-galore 参数解释:-y要不要均可,是问你同不同意安装,不要的时候,需要手动输入一个y,自己尝试后就理解了这句话含义;sra-tools trim-galore安装两款软件,默认安装最新版; 注意 trim-galore 一个字都不能错,一个字都不能错,重要的事情说三遍!