conda install sra-tools 这将自动选择最新版本进行安装。如果你需要安装特定版本的sratoolkit,可以使用以下命令: conda install sra-tools=<version> 将<version>替换为你想要安装的版本号。例如,要安装3.0.0版本的sratoolkit,可以运行以下命令: conda install sra-tools=3.0.0 conda将自动处理依赖关系并安装指定版本...
export PATH=/data/xuyongxin/biosoft/sratoolkit.2.9.6-1-centos_linux64/bin:$PATH source ~/.bashrc #激活环境变量 使用下面命令批量下载数据: nohup prefetch--option-file srr.list& 3. 将原始数据转换格式 做样本的配置文件,从sra.table提取抗体信息和SRR号信息,包括这两列; sra.table文件,即下图中的run...
conda install -y sra-tools ##可以指定安装版本 ##conda install -y sra-tools=2.10.7 ##安装完成返回3个done,如果有一个文件比较大,终止了,可以重新运行安装命令 # aspera conda install -y aspera-cli -c hcc ascp --help # 可以一次安装多个软件 conda install -y trim-galore hisat2 sub...
cd sratoolkit.3.0.7-ubuntu64/bin ls 然后使用最新版的 ~/biosoft/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64/bin/prefetch SRR8705087 --max-size 50G 就可以看到如下所示软件正确运行的提示: 2023-10-30T13:54:07 prefetch.3.0.7 int: buffer insufficient while reading uri within cloud module -cannotGet Cloud Location...
因为在数据分析过程中我们要使用很多种软件,软件安装中会遇到各种问题。 第一步——conda的安装 打开termius,并登录服务器 #使用国内镜像下载conda,在家目录下输入 wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ...
https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.7/sratoolkit.2.10.7-ubuntu64.tar.gz 注意最好不要用conda安装sratools,或者注意conda安装的是不是2.10以上的版本。 因为一般conda用国内镜像安装sratools安装的会是2.8版本,这会带来一些问题,那就是NCBI早就改版了,用的是https而不是http,所以使用conda安装...
Conda安装配置生物信息软件 Conda是一种通用包管理系统,旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与Anaconda (集成了更多软件包,https://www.anaconda.com/products/individual)和Miniconda (只包含基本功能软件包,https://conda.io/miniconda.html)一起分发。
但是如果我们安装最新版,也是看官方文档:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit,我们通常是基于Ubuntu的Linux学徒: CentOSLinux 64 bit architecture - non-sudo tar archive Ubuntu Linux 64 bit architecture - non-sudo tar archive ...
但是如果我们安装最新版,也是看官方文档:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit,我们通常是基于Ubuntu的Linux学徒: CentOS Linux 64 bit architecture- non-sudo tar archive Ubuntu Linux 64 bit architecture- non-sudo tar archive ...
Conda安装配置生物信息软件 Conda是一种通用包管理系统,旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与Anaconda (集成了更多软件包,https://www.anaconda.com/products/individual)和Miniconda (只包含基本功能软件包, https://conda.io/miniconda.html)一起分发。